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2.二级结构:
指多肽链主链骨架盘绕折叠而形成的构象,借氢键维系.主要有以下几种类
型:
⑴α-螺旋:
其结构特征为:
①主链骨架围绕中心轴盘绕形成右手螺旋;
②螺旋每上升一圈
是3.6个氨基酸残基,螺距为0.54nm;
③相邻螺旋圈之间形成许多氢键;
④侧链基团位于螺
旋的外侧.
影响α-螺旋形成的因素主要是:
①存在侧链基团较大的氨基酸残基;
②连续存在带相同
电荷的氨基酸残基;
③存在脯氨酸残基.
⑵β-折叠:
①若干条肽链或肽段平行或反平行排列成片;
②所有肽键的
C=O和N—H形成链间氢键;
③侧链基团分别交替位于片层的上,下方.
⑶β-转角:
多肽链180°
回折部分,通常由四个氨基酸残基构成,借1,4残基之间形成氢
键维系.
⑷无规卷曲:
主链骨架无规律盘绕的部分.
3.三级结构:
指多肽链所有原子的空间排布.其维系键主要是非共价键(次级键):
氢键,
疏水键,范德华力,离子键等,也可涉及二硫键.
4.四级结构:
指亚基之间的立体排布,接触部位的布局等,其维系键为非共价键.亚基是
指参与构成蛋白质四级结构的而又具有独立三级结构的多肽链.
五,蛋白质的理化性质:
2
1.两性解离与等电点:
蛋白质分子中仍然存在游离的氨基和游离的羧基,因此蛋白质与氨
基酸一样具有两性解离的性质.蛋白质分子所带正,负电荷相等时溶液的pH值称为蛋白质的等
电点.
2.蛋白质的胶体性质:
蛋白质具有亲水溶胶的性质.蛋白质分子表面的水化膜和表面电荷
是稳定蛋白质亲水溶胶的两个重要因素.
3.蛋白质的紫外吸收:
蛋白质分子中的色氨酸,酪氨酸和苯丙氨酸残基对紫外光有吸收,
以色氨酸吸收最强,最大吸收峰为280nm.
4.蛋白质的变性:
蛋白质在某些理化因素的作用下,其特定的空间结构被破坏而导致其理
化性质改变及生物活性丧失,这种现象称为蛋白质的变性.引起蛋白质变性的因素有:
高温,高
压,电离辐射,超声波,紫外线及有机溶剂,重金属盐,强酸强碱等.绝大多数蛋白质分子的变
性是不可逆的.
六,蛋白质的分离与纯化:
1.盐析与有机溶剂沉淀:
在蛋白质溶液中加入大量中性盐,以破坏蛋白质的胶体性质,使
蛋白质从溶液中沉淀析出,称为盐析.常用的中性盐有:
硫酸铵,氯化钠,硫酸钠等.盐析时,
溶液的pH在蛋白质的等电点处效果最好.凡能与水以任意比例混合的有机溶剂,如乙醇,甲醇,
丙酮等,均可引起蛋白质沉淀.
2.电泳:
蛋白质分子在高于或低于其pI的溶液中带净的负或正电荷,因此在电场中可以
移动.电泳迁移率的大小主要取决于蛋白质分子所带电荷量以及分子大小.
3.透析:
利用透析袋膜的超滤性质,可将大分子物质与小分子物质分离开.
4.层析:
利用混合物中各组分理化性质的差异,在相互接触的两相(固定相与流动相)之
间的分布不同而进行分离.主要有离子交换层析,凝胶层析,吸附层析及亲和层析等,其中凝胶
层析可用于测定蛋白质的分子量.
5.超速离心:
利用物质密度的不同,经超速离心后,分布于不同的液层而分离.超速离心
也可用来测定蛋白质的分子量,蛋白质的分子量与其沉降系数S成正比.
七,氨基酸顺序分析:
蛋白质多肽链的氨基酸顺序分析,即蛋白质一级结构的测定,主要有以下几个步骤:
1.分离纯化蛋白质,得到一定量的蛋白质纯品;
2.取一定量的样品进行完全水解,再测定蛋白质的氨基酸组成;
3.分析蛋白质的N-端和C-端氨基酸;
4.采用特异性的酶(如胰凝乳蛋白酶)或化学试剂(如溴化氰)将蛋白质处理为若干条肽
段;
5.分离纯化单一肽段;
6.测定各条肽段的氨基酸顺序.一般采用Edman降解法,用异硫氰酸苯酯进行反应,将氨
基酸降解后,逐一进行测定;
7.至少用两种不同的方法处理蛋白质,分别得到其肽段的氨基酸顺序;
8.将两套不同肽段的氨基酸顺序进行比较,以获得完整的蛋白质分子的氨基酸顺序.
3
第二章核酸的结构与功能
一,核酸的化学组成:
1.含氮碱:
参与核酸和核苷酸构成的含氮碱主要分为嘌呤碱和嘧啶碱两大类.组成核苷酸
的嘧啶碱主要有三种——尿嘧啶(U),胞嘧啶(C)和胸腺嘧啶(T),它们都是嘧啶的衍生物.
组成核苷酸的嘌呤碱主要有两种——腺嘌呤(A)和鸟嘌呤(G),它们都是嘌呤的衍生物.
2.戊糖:
核苷酸中的戊糖主要有两种,即β-D-核糖与β-D-2-脱氧核糖,由此构成的核苷
酸也分为核糖核苷酸与脱氧核糖核酸两大类.
3.核苷:
核苷是由戊糖与含氮碱基经脱水缩合而生成的化合物.通常是由核糖或脱氧核糖
的C1'
β-羟基与嘧啶碱N1或嘌呤碱N9进行缩合,故生成的化学键称为β,N糖苷键.其中
由D-核糖生成者称为核糖核苷,而由脱氧核糖生成者则称为脱氧核糖核苷.由"
稀有碱基"
所
生成的核苷称为"
稀有核苷"
.假尿苷(ψ)就是由D-核糖的C1'
与尿嘧啶的C5相连而生成
的核苷.
二,核苷酸的结构与命名:
核苷酸是由核苷与磷酸经脱水缩合后生成的磷酸酯类化合物,包括核糖核苷酸和脱氧核糖核
酸两大类.最常见的核苷酸为5'
-核苷酸(5'
常被省略).5'
-核苷酸又可按其在5'
位缩合
的磷酸基的多少,分为一磷酸核苷(核苷酸),二磷酸核苷和三磷酸核苷.
此外,生物体内还存在一些特殊的环核苷酸,常见的为环一磷酸腺苷(cAMP)和环一磷酸鸟
苷(cGMP),它们通常是作为激素作用的第二信使.
核苷酸通常使用缩写符号进行命名.第一位符号用小写字母d代表脱氧,第二位用大写字母
代表碱基,第三位用大写字母代表磷酸基的数目,第四位用大写字母P代表磷酸.
三,核酸的一级结构:
核苷酸通过3'
5'
-磷酸二酯键连接起来形成的不含侧链的多核苷酸长链化合物就称为核
酸.核酸具有方向性,5'
-位上具有自由磷酸基的末端称为5'
-端,3'
-位上具有自由羟基的
末端称为3'
-端.
DNA由dAMP,dGMP,dCMP和dTMP四种脱氧核糖核苷酸所组成.DNA的一级结构就是指DNA
分子中脱氧核糖核苷酸的种类,数目,排列顺序及连接方式.RNA由AMP,GMP,CMP,UMP四种
核糖核苷酸组成.RNA的一级结构就是指RNA分子中核糖核苷酸的种类,数目,排列顺序及连接
方式.
四,DNA的二级结构:
DNA双螺旋结构是DNA二级结构的一种重要形式,它是Watson和Crick两位科学家于1953
年提出来的一种结构模型,其主要实验依据是Chargaff研究小组对DNA的化学组成进行的分析
研究,即DNA分子中四种碱基的摩尔百分比为A=T,G=C,A+G=T+C(Chargaff原则),以及由
Wilkins研究小组完成的DNA晶体X线衍射图谱分析.
天然DNA的二级结构以B型为主,其结构特征为:
①为右手双螺旋,两条链以反平行方式排
列;
②主链位于螺旋外侧,碱基位于内侧;
③两条链间存在碱基互补,通过氢键连系,且A-T,
G-C(碱基互补原则);
④螺旋的稳定因素为氢键和碱基堆砌力;
⑤螺旋的螺距为3.4nm,直径
为2nm.
五,DNA的超螺旋结构:
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双螺旋的DNA分子进一步盘旋形成的超螺旋结构称为DNA的三级结构.
绝大多数原核生物的DNA都是共价封闭的环状双螺旋,其三级结构呈麻花状.
在真核生物中,双螺旋的DNA分子围绕一蛋白质八聚体进行盘绕,从而形成特殊的串珠状结
构,称为核小体.核小体结构属于DNA的三级结构.
六,DNA的功能:
DNA的基本功能是作为遗传信息的载体,为生物遗传信息复制以及基因信息的转录提供模
板.
DNA分子中具有特定生物学功能的片段称为基因(gene).一个生物体的全部DNA序列称为
基因组(genome).基因组的大小与生物的复杂性有关.
七,RNA的空间结构与功能:
RNA分子的种类较多,分子大小变化较大,功能多样化.RNA通常以单链存在,但也可形成
局部的双螺旋结构.
1.mRNA的结构与功能:
mRNA是单链核酸,其在真核生物中的初级产物称为HnRNA.大多数
真核成熟的mRNA分子具有典型的5'
-端的7-甲基鸟苷三磷酸(m7GTP)帽子结构和3'
-端的多
聚腺苷酸(polyA)尾巴结构.mRNA的功能是为蛋白质的合成提供模板,分子中带有遗传密码.mRNA
分子中每三个相邻的核苷酸组成一组,在蛋白质翻译合成时代表一个特定的氨基酸,这种核苷酸
三联体称为遗传密码(coden).
2.tRNA的结构与功能:
tRNA是分子最小,但含有稀有碱基最多的RNA.tRNA的二级结构由
于局部双螺旋的形成而表现为"
三叶草"
形,故称为"
结构,可分为五个部分:
①氨基
酸臂:
由tRNA的5'
-端和3'
-端构成的局部双螺旋,3'
-端都带有-CCA-OH顺序,可与氨基酸
结合而携带氨基酸.②DHU臂:
含有二氢尿嘧啶核苷,与氨基酰tRNA合成酶的结合有关.③反
密码臂:
其反密码环中部的三个核苷酸组成三联体,在蛋白质生物合成中,可以用来识别mRNA
上相应的密码,故称为反密码(anticoden).④TψC臂:
含保守的TψC顺序,可以识别核蛋
白体上的rRNA,促使tRNA与核蛋白体结合.⑤可变臂:
位于TψC臂和反密码臂之间,功能不
详.
3.rRNA的结构与功能:
rRNA是细胞中含量最多的RNA,可与蛋白质一起构成核蛋白体,作
为蛋白质生物合成的场所.原核生物中的rRNA有三种:
5S,16S,23S.真核生物中的rRNA有四
种:
5S,5.8S,18S,28S.
八,核酶:
具有自身催化作用的RNA称为核酶(ribozyme),核酶通常具有特殊的分子结构,如锤头结
构.
九,核酸的一般理化性质:
核酸具有酸性;
粘度大;
能吸收紫外光,最大吸收峰为260nm.
十,DNA的变性:
在理化因素作用下,DNA双螺旋的两条互补链松散而分开成为单链,从而导致DNA的理化性
质及生物学性质发生改变,这种现象称为DNA的变性.
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引起DNA变性的因素主要有:
①高温,②强酸强碱,③有机溶剂等.DNA变性后的性质改变:
①增色效应:
指DNA变性后对260nm紫外光的光吸收度增加的现象;
②旋光性下降;
③粘度降低;
④生物功能丧失或改变.
加热DNA溶液,使其对260nm紫外光的吸收度突然增加,达到其最大值一半时的温度,就是
DNA的变性温度(融解温度,Tm).Tm的高低与DNA分子中G+C的含量有关,G+C的含量越高,
则Tm越高.
十一,DNA的复性与分子杂交:
将变性DNA经退火处理,使其重新形成双螺旋结构的过程,称为DNA的复性.
两条来源不同的单链核酸(DNA或RNA),只要它们有大致相同的互补碱基顺序,以退火处
理即可复性,形成新的杂种双螺旋,这一现象称为核酸的分子杂交.核酸杂交可以是DNA-DNA,
也可以是DNA-RNA杂交.不同来源的,具有大致相同互补碱基顺序的核酸片段称为同源顺序.
常用的核酸分子杂交技术有:
原位杂交,斑点杂交,Southern杂交及Northern杂交等.
在核酸杂交分析过程中,常将已知顺序的核酸片段用放射性同位素或生物素进行标记,这种
带有一定标记的已知顺序的核酸片段称为探针.
十二,核酸酶:
凡是能水解核酸的酶都称为核酸酶.凡能从多核苷酸链的末端开始水解核酸的酶称为核酸外
切酶,凡能从多核苷酸链中间开始水解核酸的酶称为核酸内切酶.能识别特定的核苷酸顺序,并
从特定位点水解核酸的内切酶称为限制性核酸内切酶(限制酶).
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第三章酶(含维生素及酶的调节)
一,酶的概念:
酶(enzyme)是由活细胞产生的生物催化剂,这种催化剂具有极高的催化效率和高度的底
物特异性,其化学本质是蛋白质.酶按照其分子结构可分为单体酶,寡聚酶和多酶体系(多酶复
合体和多功能酶)三大类.
二,酶的分子组成:
酶分子可根据其化学组成的不同,可分为单纯酶和结合酶(全酶)两类.结合酶则是由酶蛋
白和辅助因子两部分构成,酶蛋白部分主要与酶的底物特异性有关,辅助因子则与酶的催化活性
有关.
与酶蛋白疏松结合并与酶的催化活性有关的耐热低分子有机化合物称为辅酶.与酶蛋白牢固
结合并与酶的催化活性有关的耐热低分子有机化合物称为辅基.
三,辅酶与辅基的来源及其生理功用:
辅酶与辅基的生理功用主要是:
⑴运载氢原子或电子,参与氧化还原反应.⑵运载反应基
团,如酰基,氨基,烷基,羧基及一碳单位等,参与基团转移.大部分的辅酶与辅基衍生于维生
素.
维生素(vitamin)是指一类维持细胞正常功能所必需的,但在许多生物体内不能自身合成
而必须由食物供给的小分子有机化合物.
维生素可按其溶解性的不同分为脂溶性维生素和水溶性维生素两大类.脂溶性维生素有
VitA,VitD,VitE和VitK四种;
水溶性维生素有VitB1,VitB2,VitPP,VitB6,VitB12,VitC,泛
酸,生物素,叶酸等.
1.TPP:
即焦磷酸硫胺素,由硫胺素(VitB1)焦磷酸化而生成,是脱羧酶的辅酶,在体内
参与糖代谢过程中α-酮酸的氧化脱羧反应.
2.FMN和FAD:
即黄素单核苷酸(FMN)和黄素腺嘌呤二核苷酸(FAD),是核黄素(VitB2)
的衍生物.FMN或FAD通常作为脱氢酶的辅基,在酶促反应中作为递氢体(双递氢体).
3.NAD+和NADP+:
即尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD+,辅酶Ⅰ)和尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸
磷酸(NADP+,辅酶Ⅱ),是VitPP的衍生物.NAD+和NADP+主要作为脱氢酶的辅酶,在酶促反应
中起递氢体的作用,为单递氢体.
4.磷酸吡哆醛和磷酸吡哆胺:
是VitB6的衍生物.磷酸吡哆醛和磷酸吡哆胺可作为氨基转移
酶,氨基酸脱羧酶,半胱氨酸脱硫酶等的辅酶.
5.CoA:
泛酸(遍多酸)在体内参与构成辅酶A(CoA).CoA中的巯基可与羧基以高能硫酯
键结合,在糖,脂,蛋白质代谢中起传递酰基的作用,是酰化酶的辅酶.
6.生物素:
是羧化酶的辅基,在体内参与CO2的固定和羧化反应.
7.FH4:
由叶酸衍生而来.四氢叶酸是体内一碳单位基团转移酶系统中的辅酶.
8.VitB12衍生物:
VitB12分子中含金属元素钴,故又称为钴胺素.VitB12在体内有多种活
性形式,如5'
-脱氧腺苷钴胺素,甲基钴胺素等.其中,5'
-脱氧腺苷钴胺素参与构成变位酶的
辅酶,甲基钴胺素则是甲基转移酶的辅酶.
四,金属离子的作用:
1.稳定构象:
稳定酶蛋白催化活性所必需的分子构象;
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2.构成酶的活性中心:
作为酶的活性中心的组成成分,参与构成酶的活性中心;
3.连接作用:
作为桥梁,将底物分子与酶蛋白螯合起来.
五,酶的活性中心:
酶分子上具有一定空间构象的部位,该部位化学基团集中,直接参与将底物转变为产物的反
应过程,这一部位就称为酶的活性中心.
参与构成酶的活性中心的化学基团,有些是与底物相结合的,称为结合基团,有些是催化底
物反应转变成产物的,称为催化基团,这两类基团统称为活性中心内必需基团.在酶的活性中心
以外,也存在一些化学基团,主要与维系酶的空间构象有关,称为酶活性中心外必需基团.
六,酶促反应的特点:
1.具有极高的催化效率:
酶的催化效率可比一般催化剂高106~1020倍.酶能与底物形成
ES中间复合物,从而改变化学反应的进程,使反应所需活化能阈大大降低,活化分子的数目大
大增加,从而加速反应进行.
2.具有高度的底物特异性:
一种酶只作用于一种或一类化合物,以促进一定的化学变化,
生成一定的产物,这种现象称为酶作用的特异性.
⑴绝对特异性:
一种酶只能作用于一种化合物,以催化一种化学反应,称为绝对特异性,如
琥珀酸脱氢酶.
⑵相对特异性:
一种酶只能作用于一类化合物或一种化学键,催化一类化学反应,称为相对
特异性,如脂肪酶.
⑶立体异构特异性:
一种酶只能作用于一种立体异构体,或只能生成一种立体异构体,称为
立体异构特异性,如L-精氨酸酶.
3.酶的催化活性是可以调节的:
如代谢物可调节酶的催化活性,对酶分子的共价修饰可改
变酶的催化活性,也可通过改变酶蛋白的合成来改变其催化活性.
七,酶促反应的机制:
1.中间复合物学说与诱导契合学说:
酶催化时,酶活性中心首先与底物结合生成一种酶-
底物复合物(ES),此复合物再分解释放出酶,并生成产物,即为中间复合物学说.当底物与酶
接近时,底物分子可以诱导酶活性中心的构象以生改变,使之成为能与底物分子密切结合的构象,
这就是诱导契合学说.
2.与酶的高效率催化有关的因素:
①趋近效应与定向作用;
②张力作用;
③酸碱催化作用;
④共价催化作用;
⑤酶活性中心的低介电区(表面效应).
八,酶促反应动力学:
酶反应动力学主要研究酶催化的反应速度以及影响反应速度的各种因素.在探讨各种因素对
酶促反应速度的影响时,通常测定其初始速度来代表酶促反应速度,即底物转化量>
k+2时,Km=k-1/k+1=Ks.因此,Km可以反映酶与底物亲和力的大小,即Km值越小,则
酶与底物的亲和力越大;
反之,则越小.
③Km可用于判断反应级数:
当[S]100Km时,ν=Vmax,反应为零级反应,即反应速度与底物浓
度无关;
当0.01Km<
[S]20kJ/mol的磷酸键称为高能磷酸键,主要有以下几种类
1.磷酸酐键:
包括各种多磷酸核苷类化合物,如ADP,ATP等.
2.混合酐键:
由磷酸与羧酸脱水后形成的酐键,主要有1,3-二磷酸甘油酸等化合物.
3.烯醇磷酸键:
见于磷酸烯醇式丙酮酸中.
4.磷酸胍键:
见于磷酸肌酸中,是肌肉和脑组织中能量的贮存形式.磷酸肌酸中的高能磷
酸键不能被直接利用,而必须先将其高能磷酸键转移给ATP,才能供生理活动之需.这一反应过
程由肌酸磷酸激酶(CPK)催化完成.
九,线粒体外NADH的穿梭:
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胞液中的3-磷酸甘油醛或乳酸脱氢,均可产生NADH.这些NADH可经穿梭系统而进入线粒体
氧化磷酸化,产生H2O和ATP.
1.磷酸甘油穿梭系统:
这一系统以3-磷酸甘油和磷酸二羟丙酮为载体,在两种不同的α-
磷酸甘油脱氢酶的催化下,将胞液中NADH的氢原子带入线粒体中,交给FAD,再沿琥珀酸氧化
呼吸链进行氧化磷酸化.因此,如NADH通过此穿梭系统带一对氢原子进入线粒体,则只得到2
分子ATP.
2.苹果酸穿梭系统:
此系统以苹果酸和天冬氨酸为载体,在苹果酸脱氢酶和谷草转氨酶的
催化下.将胞液中NADH的氢原子带入线粒体交给NAD+,再沿NADH氧化呼吸链进行氧化磷酸化.因
此,经此穿梭系统带入一对氢原子可生成3分子ATP.
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第七章氨基酸代谢
一,蛋白质的营养作用:
1.蛋白质的生理功能:
主要有:
①是构成组织细胞的重要成分;
②参与组织细胞的更新和
修补;
③参与物质代谢及生理功能的调控;
④氧化供能;
⑤其他功能:
如转运,凝血,免疫,记
忆,识别等.
2.氮平衡:
体内蛋白质的合成与分解处于动态平衡中,故每日氮的摄入量与排出量也维持
着动态平衡,这种动态平衡就称为氮平衡.氮平衡有以下几种情况:
⑴氮总平衡:
每日摄入氮量与排出氮量大致相等,表示体内蛋白质的合成量与分解量大致相
等,称为氮总平衡.此种情况见于正常成人.
⑵氮正平衡:
每日摄入氮量大于排出氮量,表明体内蛋白质的合成量大于分解量,称为氮正
平衡.此种情况见于儿童,孕妇,病后恢复期.
⑶氮负平衡:
每日摄入氮量小于排出氮量,表明体内蛋白质的合成量小于分解量,称为氮负
平衡.此种情况见于消耗性疾病患者(结核,肿瘤),饥饿者.
3.必需氨基酸与非必需氨基酸:
体内不能合成,必须由食物蛋白质供给的氨基酸称为必需
氨基酸.反之,体内能够自行合成,不必由食物供给的氨基酸就称为非必需氨基酸.
必需氨基酸一共有八种:
赖氨酸(Lys),色氨酸(Trp),苯丙氨酸(Phe),蛋氨酸(Met),
苏氨酸(Thr),亮氨酸(Leu),异亮氨酸(Ile),缬氨酸(Val).酪氨酸和半胱氨酸必需以
必需氨基酸为原料来合成,故被称为半必需氨基酸.
4.蛋白质的营养价值及互补作用:
蛋白质营养价值高低的决定因素有:
①必需氨基酸的含
量;
②必需氨基酸的种类;
③必需氨基酸的比例,即具有与人体需求相符的氨基酸组成.将几
种营养价值较低的食物蛋白质混合后食用,以提高其营养价值的作用称为食物蛋白质的互补作
用.
二,蛋白质的消化,吸收与腐败
1.蛋白质的消化:
胃蛋白酶水解食物蛋白质为多肽,再在小肠中完全水解为氨基酸.
2.氨基酸的吸收:
主要在小肠进行,是一种主动转运过程,需由特殊载体携带.除此之外,
也可经γ-谷氨酰循环进行.
3.蛋白质在肠中的腐败:
主要在大肠中进行,是细菌对蛋白质及其消化产物的分解作用,
可产生有毒物质.
三,氨基酸的脱氨基作用:
氨基酸主要通过三种方式脱氨基,即氧化脱氨基,联合脱氨基和非氧化脱氨基.
1.氧化脱氨基:
反应过程包括脱氢和水解两步,反应主要由L-氨基酸氧化酶和谷氨酸脱氢
酶所催化.L-氨基酸氧化酶是一种需氧脱氢酶,该酶在人体内作用不大.谷氨酸脱氢酶是一种不
需氧脱氢酶,以NAD+或NADP+为辅酶.该酶作用较大,属于变构酶,其活性受ATP,GTP的抑制,受
ADP,GDP的激活.
2.转氨基作用:
由转氨酶催化,将α
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