中药色谱指纹图谱相似度评价系统A版系统帮助A.docx
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中药色谱指纹图谱相似度评价系统A版系统帮助A
中药色谱指纹图谱相似度评价系统A版-系统帮助A
(版本2004A)
SOPofSimilarityevaluationsystemforchromatographicfingerprintofTCM(Version2004A)
软件系统的功能简介:
附录1:
附常用色谱工作站AIA(*.cdf)格式文件的导出
附录2:
本软件涉及术语的注释,新增功能和常见咨询题及解答
简介
1.版本介绍:
本软件系统包括两个应用版本:
研究版(2004A)和检验版(2004B)。
研究版要紧用于科学研究工作,具有生成对比图谱功能。
检验版侧重于色谱指纹图谱的检验工作,功能简化,不具有生成对比图谱的功能。
2.系统运行环境要求:
(1).最低配置:
CPU主频533MHz以上,内存64M,硬盘剩余最小空间100M,操作系统Windows98以上,屏幕辨论率800×600。
(2).举荐配置:
PVI以上CPU,内存128M,硬盘空间20G,操作系统Windows2000以上,屏幕辨论率1024×768
安装方法
点击setup.exe后,进入安装程序,如果无其他专门需要,能够直截了当点击下一步至安装终止。
图1
功能
本软件系统包括文件导入,数据库治理,谱图处理,分析检验和关心等功能。
安装完本系统后,运行“中药色谱指纹图谱相似度评判系统”执行程序,进入登陆界面(图2),这时需要用户输入用户名和相应的密码(现暂无设置密码)。
点击确定进入启动界面(图3),三秒钟后自动进入本系统运行主界面。
若用户不想在启动界面等待三秒钟,能够直截了当点击启动界面(图3),如此能够快速进入系统主界面(图4)
图2
图3
图4系统主界面
系统主界面中(图4),文件信息区(即图谱列表)显示样本编号(如(S1))及文件的路径名称等信息,绘图区显示相应的色谱指纹图谱和样本的编号(如(S12))。
1文件打开
(1)打开文件(全谱导入)(图5):
图5
本系统支持三种格式文件的导入:
AIA(即*.cdf)文件,文本文件(*.txt)和Scp(*.Scp)格式文件的导入(图5)。
建议采纳通用的AIA(*.cdf)格式文件导入。
注意AIA(*.cdf)文件中应包含样本图谱的峰面积信息,在色谱工作站导出AIA(*.cdf)文件前应现进行积分。
否则导出的AIA(*.cdf)文件可能因不包含峰面积信息而无法导入。
为了方便用户的使用,附录中给出了要紧色谱工作站的(AGILENT,WATERS,和SHIMADZU)AIA(*.cdf)数据格式的文件导出介绍。
文本文件(*.txt)的导入需要采纳专门的格式,能够参考本系统导出的文本文件格式。
Scp(*.Scp,即StandardChromatographicProject的简写)是本系统为生成的对比图谱的导入提供的一种专门的文件格式。
(2)导出文件(储存图谱)
本系统支持将导入的图谱数据文件以文本文件(*.txt)导出储存(图6)。
图6
(3)导出图象
将导入绘制的色谱图谱能够图象形式存放,文件格式为*.bmp(图7)。
图7
(4)图谱删除
本系统提供谱图删除功能(图8)。
能够选中某一图谱删除(“删除当前图谱”功能),也可将导入的图谱全部删除(“清除所有图谱数据”)。
在文件信息区选中某一样本图谱,然后在文件菜单栏中点击“删除当前图谱”,即可将选中的样本图谱删除。
若点击“清除所有图谱数据”,所有样本图谱全部删除。
图8
2数据库功能:
数据库治理包括药材信息建档(图9)、制剂信息建档(图10)和参照图谱建档功能(图11),便于用户信息治理。
图9
图10
图11
3谱图处理:
数据剪切
数据剪切功能可使用户选择一定时刻范畴内的色谱数据进行匹配。
点击“谱图处理”中的“数据剪切”功能,系统会提示用户是否需要复原原始数据,点击确定后进入“数据剪切”功能对话框,如图(12):
图12数据剪切功能对话框
通过该对话框用户能够剪切样本图谱起始时期的溶剂峰,也可剪切样本图谱尾部时期的“杂峰”。
在对话框中输入剪切溶剂峰的“终止时刻”(系统默认为5分钟)和尾部剪切的“起始时刻”(系统默认为60分钟),能够将所有样本在剪切溶剂峰的“终止时刻”前和尾部剪切的“起始时刻”后的图谱数据剪切掉。
放大和缩小
本系统提供了两种图谱放大和缩小功能。
一种为“信号放大一倍和缩小一倍”(图13),另一种为信号的直截了当拖放放大。
那个地点只介绍“信号放大一倍和缩小一倍”功能。
“信号放大一倍和缩小一倍功能”使得当前显示图谱的沿y轴方向成比例放大和缩小一倍,便于用户观看图谱信号的整体概貌和细节部分。
连续点击“信号放大一倍”两次,立即原始图谱沿y轴方向放大四倍。
图13谱图处理包含的功能
(3)色谱峰匹配
色谱峰匹配包括指定参照峰,指定基准峰和自动匹配。
下面逐一介绍:
指定参照图谱:
用户能够任意选择一条色谱图谱作为指定参照图谱。
点击“谱图处理”“色谱峰匹配”中的“指定参照图谱”,弹出如图14所示的对话框,选择参照图谱编号“确定“后即可将该编号对应的图谱指定为参照图谱。
图谱颜色变为红色,以区不于其他图谱。
在此对话框中还提供了“对比图谱的生成方法”和“时刻窗宽度”的参数设置。
“对比图谱的生成方法”(详见“3谱图处理中(4)生成对比图谱、单独显示对比图谱及导出对比图谱”),那个地点只介绍“时刻窗宽度”的参数设置。
时刻窗宽度是指有关于参照图谱峰位置的可选保留时刻范畴,其单位按照横坐标轴的单位而定(那个地点是分钟)。
时刻窗宽度越大,可选的时刻范畴就越大。
在色谱峰匹配时,选择一个合适的时刻窗宽度是专门重要的。
一样情形下,时刻窗宽度在较小范畴内变化(如0.1-0.5),自动匹配结果变化较大。
时刻窗宽度在较大范畴内变化(如0.5-1.5),自动匹配结果比较稳固。
建议:
先在一定范畴内逐步增加时刻窗宽度(如0.1-1.0),然后观看匹配结果(能够通过相似度的运算结果确定)。
若时刻窗宽度增加到一定数值后,匹配结果比较稳固(相似度运算结果稳固),这时对应的时刻窗宽度参数较为适合。
图14参数设置对话框
多点校正(即设置匹配点或设置Mark峰):
系统支持“多点校正”功能。
点击“谱图处理”“色谱峰匹配”中的“多点校正”(或直截了当点击状态栏中的“多点校正”按钮),系统进入“多点校正”模式,这时鼠标变成“+”。
用户按照需要直截了当在图谱上设置匹配点(匹配点数不限,设置后的匹配点为红色点表示,详见图36和37)进行多点校正。
若设置结果不中意,能够再次点击设置的匹配点即可取消已设置的匹配点。
为了使用户尽快找到色谱峰的峰位置,进行匹配点的设置,能够点击“谱图处理”中的“显示色谱峰”(详见“3谱图处理中(5)显示色谱峰”,图20),如此所有样本图谱的所有色谱峰全部显示出来。
样本图谱数量较多时,有些峰面积较大峰的设置较为不变;或者所有样本图谱匹配点设置完毕,但又觉得某些样本图谱匹配点的设置不够理想,这时能够采纳“单谱显示”模式(详见工具栏中“单谱显示”按钮),逐个图谱进行设置和修正。
若对所有样本图谱设置的匹配点(Mark峰)不中意,期望重新设置,能够通过以下两种方法实现:
①直截了当点击右键,弹出对话框(图15)
图15
点击“确定”后即可取消所有样本图谱差不多设置的匹配点,然后再重新设置。
②点击工具栏中“数据复原”按钮(图16),
图16
点击“是”后,样本图谱复原到匹配点设置往常的状态。
自动匹配:
本系统提供自动匹配功能,可实现色谱峰的自动匹配。
自动匹配时,需要用户设置时刻窗宽度,系统默认值为0.1(图14)。
用户能够调剂此参数以调整色谱峰的匹配结果。
图17自动匹配结果
匹配结果以蓝色虚线将匹配的色谱峰联接起来表示(见图17)。
用户也可点击工具栏中“匹配数据”按钮,直截了当观看样本图谱的匹配结果(详见6工具栏中的“匹配数据”按钮介绍)。
一样情形下,若导入的样本图谱视觉上排列整齐,较为相似,能够直截了当进行自动匹配。
(4)生成对比图谱、单独显示对比图谱及导出对比图谱
对比图谱的生成需要先进行谱峰匹配然后才能生成对比图谱。
其生成方法包括均值法和中位数法。
用户能够按照需要选择合适的方法生成对比图谱(能够在图14所示的对话框中选择方法。
生成对比图谱的编号为R见图18中图谱),并可单独显示(点击“谱图处理”中的“单独显示对比图谱”,见图19),便于用户观看。
生成的对比图谱以专门格式导出(对比图谱不能在“文件”菜单中以“导出文件”导出,必须以图13所示菜单中“导出对比图谱”)。
关于注射剂建议采纳均值法产生对比指纹图谱;关于中药材,建议采纳中位数法产生对比指纹图谱。
图18
图19对比图谱的单独显示
(5)显示色谱峰
“显示图谱峰”功能使绘图区的样本图谱的色谱峰以点标记的方式显示出来(如图20),便于用户设置匹配点和观看分析。
图20
(6)着色当前谱图和随机着色谱图:
用户按照需要能够选择某一图谱进行着色,也可对图谱进行随机着色(图13)。
4分析检验:
(1)相似度运算:
对比图谱生成后,用户通过“相似度运算”功能进行色谱图谱样本与对比图谱的相似度评判。
评判结果以表格形式显示,并可储存,或将结果拷贝到剪贴板上,再粘贴到Excel表格中以方便用户使用(图21和22)。
图21
图22相似度运算结果
(2)打印报告:
用户通过“打印报告”功能将分析结果打印出来(图21)。
打印报告中包括报表信息输入(图23)和分析报告两部分(图24和25)。
其中分析报告包括原始指纹图谱,匹配后图谱和相似度评判结果。
图23
图24
图25
5关心
为方便用户使用,本系统提供简洁完整的联机关心。
6工具栏按钮简介:
工具栏按钮如图所示(图26)。
其中大部分按钮的功能在前面差不多介绍过,不再赘述。
那个地点将重点介绍“数据复原”,“匹配数据”,“图谱间距”和“单谱显示”功能。
(1)数据复原
“数据复原”功能是使当前处理结果复原到图谱数据刚刚导入的状态。
(2)匹配数据:
“匹配数据”按钮可使用户直截了当观看峰匹配的结果(图27)。
图27匹配数据结果
在匹配结果中,共有峰(白色)和非共有峰(灰色)以不同颜色表示,便于用户观看。
匹配结果也可储存为文本文件,或拷贝到剪贴板上,再粘贴到Excel表格中以方便用户使用(类似于“相似度运算”结果)。
(3)图谱间距
“图谱间距”能够调剂绘制图谱间的距离,便于用户观看和分析。
点击工具栏上“图谱间距”按钮,弹出“设置谱图间距”对话框(图28),输入相应数值以调整谱图间距。
图28
(4)单峰显示
“单峰显示”可使选中的图谱单个显示,便于用户观看和分析单个样本图谱。
四卸载
能够采纳本系统提供的卸载程序进行卸载。
也可在操纵面板中,采纳添加/删除程序卸载本程序。
五应用实例
为方便用户快速把握本系统,我们以一例子加以介绍。
例:
对猎取的色谱指纹图谱建立对比图谱,进行相似度评判,并打印报告。
差不多流程图如下(图29):
图29
1样本图谱数据导入(AIA格式(*.cdf),图30和31)
图31
图32
2设参照图谱(图33)
图34
3自动匹配
图35自动匹配结果
4多点校正
图36多点校正设定
图37多点校正后自动匹配结果(图谱)
图38匹配数据结果
5对比图谱生成
图39
6相似度运算结果
图40
7打印报告
图41
图42
附录1:
常用色谱工作站AIA(*.cdf)格式文件的导出
本软件系统的相似度运确实是按照峰的积分面积进行的。
建议用户从色谱工作站导出AIA(*.cdf)数据文件之前,先对需要导出的数据进行积分处理,如此能够确保导出的AIA(*.cdf)数据文件包含积分数据信息。
Agilent色谱工作站
1.打开Agilent色谱工作站;
2.进入数据处理(View>>DataAnalysis);
3.调入要输出的色谱文件(File>>LoadSignal…);
4.进入数据输出窗口(File>>ExportFile>>AIAFile…),进入方式如下图所示:
在弹出窗口中指定导出路径及文件名,确定。
可导出AIA格式文件。
5.若选择输出文本格式文件(File>>ExportFile>>CSVFile…),会弹出数据输出窗口。
在数据输出窗口中,选中Signal选项,在FileName输入框中输入相应的文件名及文件储存路径。
点击OK。
在SignalExport窗口下,选中Timesaxis及Yaxis两选项,点击OK后即可。
6.重复以上操作,依次输出。
WatersM32色谱工作站
建立输出方法
登陆M32,右击BrowseData小窗口,选择相应的Project。
在Project窗口中选定Results标签页面下要输出的某个数据(点黑)
方法一:
在File菜单下,选NewMethod下的ExportMethod…以建立输出方法模板
方法二:
在Database菜单下,选ExportData…,在Export窗口下点击EditMethod按钮。
方法一:
方法二:
或选中需要输出的数据文件,
在随后显现的SavecurrentExportMethod窗口下的Name框中填入输出方法名
关闭ExportMethodEditor界面
方法一:
回到在Project窗口,选中要输出的一个或多个数据;
在Tools菜单下选Export;
在随后显现的BackgroundProcessingandReporting界面下确认Exporting项下的Export框打勾,
在Usespecifiedexportmethod框下选建立过的输出方法名
点OK键完成数据的输出
到Windows的数据输出目的名目下可看到输出的文件,此文件格式为*.arw或*.cdf。
ShimadzuClass-VP色谱工作站
1、文件栏中Method→Advanced…
弹出窗口:
选择光谱输出
选择AIA(*.CDF)输出AIA文件;选择ASCII输出文本格式(*.acs)。
2、关闭窗口后,再进行数据分析。
分析终止后,即能够在指定的输出路径检查输出的文件。
附录2:
本软件涉及术语的注释
共有峰:
指在相同的色谱条件下,不同批次或产地等的某种中药色谱图所共同具有的色谱峰。
对比图谱:
由原始实验数据经软件系统生成的具有代表性的特点图谱。
其产生方法包括均值法和中位数法。
参考色谱图:
色谱峰匹配时,用户指定的保留时刻固定且用于其它样本色谱峰的保留时刻校正的某一样本色谱图。
样本(供试品)色谱图:
由原始实验数据形成的色谱图。
时刻窗宽度:
时刻窗宽度是指有关于参照图谱峰位置的可选保留时刻范畴,其单位按照横坐标轴的单位而定。
新增功能讲明:
1“十选一”的功能:
对比图谱也可选择其中一个样本图谱作为对比图谱。
该功能称为“十选一”的功能。
用户只要选择一个谱图后,在“文件”菜单中的“导出文件(储存图谱)”的对话框中选择*.Scp格式即可。
2设置当前谱图编号:
用户按照实际需要设置当前谱图编号。
当用户导入谱图之后能够通过“谱图处理”菜单中的“设置当前谱图编号”项来输入谱图批号(见下图),也能够直截了当双击左侧列表中的谱图名称来输入谱图批号。
3缩放功能的更新:
重新更换了原有的图谱缩放功能,改为拖放式的放大。
用户按照需要自由拖放。
放大倍数差不多“无限制”。
放大后的图谱能够通过鼠标双击复原成原始大小。
4图谱列表显示:
当用户在图谱列表(即文件信息区)中选中某一谱图时,当前图谱颜色加重,即显示为双线。
5图谱坐标的实时显示功能:
状态栏实时显示鼠标在作图区的实际坐标(见下图)。
6色谱峰信息显示:
在显示色谱峰的状态下,双击色谱峰时,显示出该色谱峰有关信息。
7打开报表功能:
本软件系统能够将已储备的报表文件打开,方便用户调用和查阅。
在“文件”菜单中点击“打开报表”即显现如下对话框,选中需要打开的报表文件点击“打开”即可。
常见咨询题及解答:
1对比图谱“假峰”的解决方案?
样本图谱进行自动匹配时,有些色谱峰在现有的参数条件仍没有得到较好的匹配,使得一些色谱峰显现“错位”现象,导致生成的对比图谱含有比样本图谱更多的色谱峰,在这些色谱峰中,有些能够通过视觉判定发觉它们可能是由于匹配结果不理想而造成的“假峰”。
解决方案:
能够采纳“多点校正”功能多增加一些匹配点的设置,有效幸免一些色谱峰显现“错位”现象,以改善匹配结果。
如此生成的对比图谱的峰数与样本图谱相比可不能偏差过多。
2AGILENT,WATERS,和SHIMADZU导出的图谱数据相互比较应注意的咨询题?
AGILENT,WATERS给出的色谱峰的强度一样采纳吸光度表示(AU或mAU),本系统已对这两种色谱工作站给出的色谱峰强度进行了单位统一。
SHIMADZU色谱工作站给出的色谱峰强度既能够电压表示,也能够吸光度(mAU)表示。
关于吸光度表示的色谱峰强度,本系统已进行了单位统一,但关于电压表示的色谱峰强度还需用户按照实际情形调整有关参数。
本系统提供了相应的对话框,在导入以电压表示的色谱峰强度的数据时,该对话框会自动弹出,用户按照相同样本(即同一注射剂)在不同仪器上色谱峰强度的差异确定参数的设置。
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