烟草核酸数据库管理系统操作手册.doc
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烟草核酸数据库管理系统
用户手册
Version1.0
云南省烟草科学研究所
2006-12-18
一安装指南
点击安装程序中的setup.exe,如果提示安装.NETFramework,则先安装.NETFramework后再点击setup.exe进行安装。
运行过程中出现错误时选择“忽略”。
点击下一步,可以选择安装目录,比如程序安装在C:
\ProgramFiles\Project1目录,点击确定自动完成安装,重新启动计算机后便可以使用该软件。
二系统环境
操作系统:
Windows2000系列
配置:
CPU:
主频1G以上;
内存:
256M以上;
硬盘:
40G以上。
三系统功能及操作
3.1主界面
双击烟草核酸数据库管理系统的快捷方式,进入本系统。
如果是第一次运行本系统,根据提示,设置核酸数据库的保存目录如图1。
如果该目录已存在数据库文件,并且需要保留则在“保留原有数据”。
设置完毕后进入主界面。
图1
主界面包含各个功能模块的导航菜单,选择相应的模块进入相应的功能界面,如图2。
图2
3.2实验组模块
3.2.1实验组查询功能的实现
打开实验组的索引窗口,可以显示所有实验组的列表,已经当前列表中指针所指记录的详细信息。
通过在模糊窗口中打入需要查询的内容,可以在数据库内进行全文搜索,在列表中显示出符合条件的记录。
当指针选到某一条记录的时候,下面窗口的区域会自动显示出该条记录的详细信息。
同时在通过左边的菜单可以实现相应的操作,包括对该实验组内的序列进行查询,为该实验组添加新的序列和删除相应的序列。
如图3
图3
3.3.2实验组的添加、编辑功能
对于实验组的内容是进行手工添加的,打开手工添加窗口后按照表单内容进行填写,点击确定按钮便可将内容保存到数据当中。
在实验组的列表中选择好记录,点击左边的命令菜单的删除按钮可以将该条实验组的内容删除。
点击编辑命令或者直接双击所要选择的记录,打开编辑窗口,直接对实验组的内容进行编辑。
如图4
图4
3.3序列管理模块的实现
与实验组管理模块一样,主要是实现对于DNA序列的查询和编辑功能。
3.3.1序列的查询功能的实现
打开序列的查询窗口,可以显示所有数据库内保存的序列列表,而窗口的下面部分则是序列的详细内容,包括:
序列的名称编号,原始序列,修改后的序列、ABI图像以及保存的blast结果。
通过左边的命令条的查询命令可以按不同的条件查询相应的序列。
包括模糊查询、按组查询、按照序列的长度查询等。
可以单独或者批量选择序列。
并且对选择的序列进行相应的操作。
如图5:
图5
3.3.2编辑模块的实现:
在序列列表中选定相应的序列后,可进行相应的操作。
包括删除,编辑。
点击编辑菜单或者双击之后,可进行相应的编辑。
关于序列的添加主要可以实现手工的逐条添加,或者从批量选定的测序报告中进行读取添加,并自动把测序文件的文件名作为序列编号,对序列进行识别。
如果设定了前后引物,在进行添加的过程,本系统能够自动剪切获得引物间的序列。
导入的文件有两种格式,一种是纯文本的序列文件或者是ABI测序报告文件。
如图6
图6
添加序列可以批量选择序列文件进行添加。
按照图7所示,填写序列有关的信息,进行序列导入。
图7
3.4辅助编辑模块的实现
辅助编辑模块,主要包括核酸序列编辑器和ABI文件分析器两个功能的实现。
3.4.1核酸序列编辑器的功能
核酸编辑器有两个文本编辑器,上面的文本编辑主要保存和现实最初的原始序列,而修改后的序列则显示和保存在下面的编辑框里。
在核算序列编辑器中可以很方便的对DNA序列进行各种分析操作。
主要包括几个方面的功能:
(1)从虚列文件中导入序列,在设定好引物的情况下,对原始序列进行剪切,并在下面的编辑框内现实剪切后的序列,每个序列框都能显示序列的长度。
(2)序列本身可以进行定位查找的分析,也可以按照一定格式显示序列的内容。
(3)可以随时查看任一文本框中序列的互补序列,并且将该序列保存到文件当中。
3.4.2ABI文件分析器的功能实现
如图8所示,打开ABI测序文件后,测序文件的图像在右上部分。
右下则是从测序文件中读出来序列。
左边主要是图像上面指针运动的参数可查找序列的对话框,主要功能包括:
(1)可以查找某一段序列,并且进行定位,在设定好开始和末尾的位置可以从中间切下一段序列。
(2)根据设定的引物进行剪切,并且可以在图像上对引物进行定位。
(3)可以导出序列文本和图像文件,存储为位图格式。
(4)可以打开和读取其他的ABI测序文件。
图8
3.5辅助分析模块
本系统的辅助分析模块主要可以将选定的序列提交到远程的NCBI进行blast,blast的结果可以按照文本或者html格式文件进行保存。
在分析blast结果的过程中可以根据GENBANK的某条基因序列的ID号直接查询到关于该条基因的详细信息。
本系统的可以自动批量对若干序列进行比对,也可以单独为所选的序列进行比对,如图9。
其他的分析功能就是实现对序列的条件查询。
包括全文的模糊检索,按照序列的长度进行检索能功能。
并且可以将所选的序列导出,生成相应的文本文件。
图9
3.6系统维护模块
主要是包括数据库文件的设定,备份和重置。
如图10。
图10
四相关说明
实现技术:
VB.NET(VBfor.NETFramework)
系统文件说明:
Seq.bd:
包含数据库路径、密码等信息。
Seq.dll:
数据库文件。
SEQtools:
系统文件的各种参数
其他文件均为系统文件。
系统文件存放初始文件夹为软件的安装文件夹的文件夹“seqtool”中,软件运行后,可以选择指定存放位置。
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