序列比对之Clustalx与Clustalw使用指南.pdf
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- 上传时间:2023-05-05
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序列比对之序列比对之Clustalx与与Clustalw使用指南使用指南这几天实验需要做多序列比对,很久不做了,一时之间不知道如何使用clustal这个工具了。
在网上搜集了一些资料,做个整理,总结了Clustalx和Clustalw的使用,省得以后久不使用又生疏了,又要去整理了,在此分享给大家,希望有所帮助。
1.先提供下载地址:
先提供下载地址:
官方下载地址:
http:
/www.clustal.org/download/current/Clustalx、Clustalw的各种最新版本都能下载到,包括linux、Win、Mac.2.原理:
序列同源性分析:
原理:
序列同源性分析:
是将待研究序列加入到一组与之同源,但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较,以确定该序列与其它序列间的同源性大小。
这是理论分析方法中最关键的一步。
完成这一工作必须使用多序列比较算法。
常用的程序包有CLUSTAL等;Clustal是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具,由HigginsD.G.等开发。
有应用于多种操作系统平台的版本,包括linux版,DOS版的clustlw,clustalx等。
CLUSTAL是一种渐进的比对方法,先将多个序列两两比对构建距离矩阵,反应序列之间两两关系;然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树,对关系密切的序列进行加权;然后从最紧密的两条序列开始,逐步引入临近的序列并不断重新构建比对,直到所有序列都被加入为止。
3.操作操作3.1Clustalx的操作的操作第一步:
输入序列文件。
第二步:
设定比对的一些参数。
参数设定窗口。
第三步:
开始序列比对。
第四步:
比对完成,选择保存结果文件的格式-3.2Clustalw的使用的使用(一一)第一步:
按屏幕提示选择1,输入序列文件注意:
请把你需要比对的多条序列合并为一条,放在一个文件中第二步:
选择保存文件的形式,按提示选择,你会的!
第三步:
参数设置好后,按Enter返回主界面,开始比对!
EBI提供的在线clustalw服务http:
/www.ebi.ac.uk/clustalw/可以在这里得到更多关于clustal的帮助:
http:
/www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html
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