国家或地方技术规范:虾肝肠胞虫核酸检测技术规范.docx
- 文档编号:18932399
- 上传时间:2024-02-16
- 格式:DOCX
- 页数:22
- 大小:60.34KB
国家或地方技术规范:虾肝肠胞虫核酸检测技术规范.docx
《国家或地方技术规范:虾肝肠胞虫核酸检测技术规范.docx》由会员分享,可在线阅读,更多相关《国家或地方技术规范:虾肝肠胞虫核酸检测技术规范.docx(22页珍藏版)》请在冰点文库上搜索。
ICS
CCS
65.020.30
B41
33
浙江省地方标准
DB33/T2492—2022
虾肝肠胞虫核酸检测技术规范
TechnicalspecificationfornucleicaciddetectionofEnterocytozoonhepatopenaei
2022-05-17发布
2022-06-17实施
浙江省市场监督管理局发布
DB33/T2492—2022
前言
本标准按照GB/T1.1—2020《标准化工作导则第1部分:
标准化文件的结构和起草规则》的规定起草。
请注意本标准的某些内容可能涉及专利。
本标准的发布机构不承担识别专利的责任。
本标准由浙江省农业农村厅提出并组织实施。
本标准由浙江省水产标准化技术委员会归口。
本标准起草单位:
浙江省水产技术推广总站、浙江省休闲观赏渔业行业协会、杭州市农业技术推广中心。
本标准主要起草人:
朱凝瑜、郑晓叶、梁倩蓉、叶键、黄家庆、周凡、许婷、丁雪燕、吴洪喜。
I
DB33/T2492—2022
虾肝肠胞虫核酸检测技术规范
1范围
本标准规定了虾肝肠胞虫(Enterocytozoonhepatopenaei,EHP)套式PCR检测、荧光定量PCR检测、环介导等温扩增(LAMP)检测方法所需试剂和材料、仪器和设备,样品采集、样品前处理、操作步骤和结果判定。
本标准适用于虾类、饵料生物、养殖水体等样品中虾肝肠胞虫的检测和监测,其他甲壳类和浮游动物参照执行。
2规范性引用文件
下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本标准必不可少的条款。
其中,注日期的引用文件,仅该日期对应的版本适用于本标准;不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改单)适用于本标准。
SC/T7103水生动物产地检疫采样技术规范
3术语和定义
本标准没有需要界定的术语和定义。
4缩略语
下列缩略语适用于本标准
BstDNA聚合酶:
嗜热脂肪芽孢杆菌DNA聚合酶(BacillusstearothermophilusDNApolymerase)bp:
碱基对(basepair)
Ct值:
反应管内的荧光信号到达设定的域值时所经历的循环数(cyclethreshold)DNA:
脱氧核糖核酸(deoxyribonucleicacid)
dNTP:
脱氧核糖核苷三磷酸(deoxy-ribonucleosidetriphosphate)
EHP:
虾肝肠胞虫(Enterocytozoonheppenatoaei)
LAMP:
环介导等温扩增(Loop-mediatedisothermalamplification)
PCR:
聚合酶链反应(polymerasechainreaction)
PEG:
聚乙二醇(polyethyleneglycol)
SWP:
孢子壁蛋白(sporewallprotein)
SYBRGreenIqPCRMix:
含双链嵌合荧光染色剂的荧光定量PCR预混液
5试剂和材料
除非另有说明,在分析中仅使用确认为分析纯的化学试剂和蒸馏水或去离子水或相当纯度的水。
1
DB33/T2492—2022
5.1无水乙醇。
5.295%乙醇:
95mL无水乙醇,加水定容至100mL。
5.370%乙醇:
70mL无水乙醇,加水定容至100mL。
5.40.45μm硝酸纤维素膜。
5.53%牛肉膏洗脱液:
30.0g牛肉浸膏加水溶解,调节pH至9.0,定容至1000mL,高压灭菌15min,室温保存。
5.616%PEG8000:
160.0gPEG8000、17.5gNaCl加水溶解,定容至1000mL,高压灭菌15min,室温保存。
5.7磷酸氢二钠(Na2HPO4)(0.2mol/L):
71.6gNa2HPO4·12H2O加水溶解,调节pH至9.0,定容至1000mL,高压灭菌15min,室温保存。
5.8抽提缓冲液:
1mL1mol/LTris·HCl(pH8.0)、20mL0.5mol/LEDTA(pH8.0)、2mL1mg/mL胰RNA酶、5mL10%SDS加水溶解,定容至100mL,室温贮存。
5.9蛋白酶K(20mg/mL):
-20℃保存。
5.10This平衡酚(饱和酚)、10mol/L乙酸铵、酚/三氯甲烷/异戊醇(25:
24:
1)、三氯甲烷/异戊醇(24:
1)。
5.11TE缓冲液:
10mL1mol/LTris·HCl(pH8.0)、2mL0.5mol/LEDTA(pH8.0)加水定容至1000mL,高压灭菌后4℃保存。
5.12TaqDNA聚合酶(5U/μL):
-20℃保存,避免反复冻融。
5.1310×PCR缓冲液:
随TaqDNA聚合酶提供,-20℃保存。
5.14氯化镁(MgCl2)溶液(25mmol/L):
-20℃保存。
5.15dNTP:
生化试剂,含dCTP、dGTP、dATP、dTTP各10mmol/L的混合物,-20℃保存。
5.16套式PCR引物:
两对引物(F514和R514、F147和R147)序列及其在靶基因中的位置见附录A中的A.1,-20℃保存。
5.171×TAE电泳缓冲液:
242gTris、100mL0.5mol/LEDTA(pH8.0)、57.1mL冰乙酸,加水定容至1000mL,室温保存,使用时稀释50倍。
5.18琼脂糖:
电泳级。
5.19样品缓冲液:
40g蔗糖加水溶解,定容至1000mL,加入0.25g溴酚蓝溶解后,4℃保存。
5.20电泳核酸染料:
溴化乙锭或4SGreen等商品化染料。
5.21DNAMarker2000,-20℃保存。
5.22SYBRGreenIqPCRMix。
5.23荧光定量PCR引物:
引物(F118和R118)序列及其在靶基因中的位置见附录A中的A.2,-20℃保存。
5.2410×thermolPol缓冲液:
含200mmol/LTris·HCl(pH8.0)、100mmol/L硫酸铵((NH4)2SO4)、100mmol/L氯化钾(KCl)、20mmol/L硫酸镁(MgSO4)、1%TritonX-100。
5.25甜菜碱,5mol/L。
5.26MgSO4,150mmol/L。
5.27BstDNA聚合酶,8U/µL。
5.28LAMP引物:
三对引物(F3和B3、FIP和BIP、FLP和BLP)序列及其在靶基因中的位置见附录A中的A.3,-20℃保存。
5.29阳性对照:
已知受EHP感染的对虾样品提取的DNA,-20℃保存。
5.30阴性对照:
已知未受EHP感染的对虾样品提取的DNA,-20℃保存。
5.31空白对照:
无菌双蒸水。
2
DB33/T2492—2022
6仪器和设备
6.1PCR扩增仪。
6.2荧光定量PCR仪。
6.3恒温荧光扩增检测仪。
6.4电泳仪:
输出直流电压0V~600V。
6.5水平电泳槽:
50mL~500mL,带有凝胶船及样孔梳。
6.6微量移液器及适配吸头,建议使用带滤芯的吸头。
6.7凝胶成像仪。
6.8水浴锅或金属浴。
6.9普通冰箱:
具冷藏箱,并带-18℃以下冷冻箱体。
6.10离心机:
转速可达12000r/min以上。
6.11超声波破碎仪:
20kHz±2kHz。
6.120.2mLPCR管及1.5mL、2.0mL、5.0mL离心管:
经高压灭菌,一次性使用。
6.13无菌研磨棒:
适用于1.5mL离心管,经高压灭菌,一次性使用。
6.14分析天平:
最小分度值为1mg。
6.15真空抽滤泵。
7样品采集和处理
7.1样品的采集
7.1.1生物样品
7.1.1.1样品采集的要求和数量按SC/T7103的规定。
7.1.1.2对虾受精卵、幼体、仔虾及体长3cm以下稚虾取完整个体;幼虾至成虾取肝胰腺、肠道;卤虫、丰年虫等饵料生物样品取完整个体,冷藏运输进行核酸抽提。
或置于灭菌采样容器内,加入待检样三倍体积的95%乙醇没过待检样,-20℃保存。
7.1.2水样
用无菌容器采集500mL,冷藏运输进行核酸抽提。
或-20℃保存待检。
7.2样品处理
7.2.1通用要求
样品处理过程中应避免交叉污染。
7.2.2生物样
将采集样品用研磨棒研磨均匀,取10mg~100mg组织匀浆液,置于灭菌1.5mL的离心管中,用于
核酸提取。
7.2.3水样
7.2.3.1取100mL水样经0.45μm硝酸纤维素膜抽滤后,取出硝酸纤维素膜并剪碎,放入装有1.5mL的3%牛肉膏洗脱液及锆珠的2mL离心管中,震荡20min~30min,或用超声破碎仪破碎15min。
3
DB33/T2492—2022
7.2.3.2取出上清转移至无菌的5mL离心管中。
加入等体积的16%PEG8000溶液,震荡充分混匀,调节pH至7.0,4℃静置3h或过夜。
7.2.3.34℃下12000r/min离心5min,弃上清。
加入Na2HPO4500μL,震荡至重悬沉淀。
7.2.3.44℃下12000r/min离心5min,取上清用于核酸抽提。
8核酸抽提
8.1经7.2处理样品,按以下方法进行核酸抽提。
8.2加入抽提缓冲液450μL、蛋白酶K3μL,混匀,56℃孵育3h。
8.3冷却至室温,加入等体积平衡酚,颠倒混合10min,于10000r/min离心3min,取上层水相至新
1.5mL离心管中。
8.4加入等体积酚/三氯甲烷/异戊醇(25:
24:
1),颠倒混合10min,于10000r/min离心1min,取上层水相至新1.5mL离心管中。
8.5加溶液等体积三氯甲烷/异戊醇(24:
1),颠倒混合10min,于10000r/min离心1min,取上层水相至新1.5mL离心管中。
8.6加入乙酸铵100μL,混匀后,再加入两倍体积预冷无水乙醇(-20℃)混匀,-20℃放置2h。
10000r/min离心10min,弃上清。
8.7用70%乙醇洗涤沉淀2次,每次洗涤后10000r/min离心5min,小心倾去上清,沉淀于室温晾干。
8.8加入灭菌双蒸水50μL~100μL溶解DNA。
若DNA样品需保存,宜用TE缓冲液50μL~100μL溶解并保存于-20℃。
8.9也可采用同等效果商业化DNA提取试剂盒抽提DNA。
9PCR检测方法
9.1通用要求
样品的PCR扩增应在PCR反应区独立完成,避免造成区域间污染。
PCR实验室分区要求按附录B执行。
9.2套式PCR
9.2.1第一轮PCR反应
9.2.1.1PCR反应体系:
在0.2mLPCR管中加入10×PCR缓冲液2.5μL,MgCl21.5μL,dNTP0.5μL,引物F514和R514各1μL,Taq酶0.1μL,检测样品DNA1μL,最后加灭菌双蒸水至25μL体积(或者按商品化预混液说明书配制反应体系)。
同时设阳性对照、阴性对照及空白对照。
短暂离心后将PCR管置于PCR仪中。
9.2.1.2PCR反应条件:
95℃5min;95℃30s,58℃30s,68℃45s,30次循环;68℃5min;4℃保温。
9.2.2第二轮PCR反应
9.2.2.1PCR反应体系为:
在0.2mLPCR管中加入10×PCR缓冲液2.5μL,MgCl21.5μL,dNTP0.5μL,引物F147和R147各1μL,Taq酶0.1μL,第一轮反应产物1μL,最后加灭菌双蒸水至25μL体积(或按商品化预混液说明书配制反应体系)。
短暂离心后将PCR管置于PCR仪中。
9.2.2.2PCR反应条件为:
95℃5min;95℃30s,64℃30s,68℃20s,20次循环;68℃5min;4℃保温。
4
DB33/T2492—2022
9.2.3琼脂糖凝胶电泳
用1×TAE电泳缓冲液配制1.5%且含1μg/mL核酸染料的琼脂糖凝胶。
将该凝胶平板放入水平电泳槽,加样孔朝负极,加入1×TAE电泳缓冲液至没过胶面1mm~2mm。
将PCR扩增产物6μL和样品缓冲液2μL混匀后加入加样孔,同时设立DNA分子量标准对照。
5V/cm电泳30min,当溴酚蓝迁移至琼脂糖凝胶的1/2~2/3处时停止电泳,凝胶成像仪观察并判断结果。
若条带未区分开,可适当增加电泳时间。
9.2.4结果判定
9.2.4.1阳性对照第一轮PCR在514bp处有条带,或/和第二轮PCR在147bp处有条带,阴性对照和空白对照没有相应条带,实验有效。
9.2.4.2待测样品第一轮PCR在514bp处有条带,或/和第二轮PCR在147bp处有条带的,判定为阳
性。
9.2.4.3待测样品第一轮PCR在514bp处无条带,且第二轮PCR在147bp处无条带的,可判定为样品
阴性。
9.2.4.4结果判定可疑时,应用其他检测方法进行确认。
9.3荧光定量PCR
9.3.1反应体系
在荧光PCR管中加入2×SYBRGreenIqPCRMix10μL,引物F118和R118各0.8μL,检测样品DNA1μL,最后加灭菌双蒸水至20μL体积(或者按商品化预混液说明书配制反应体系)。
同时设阳性对照、阴性对照及空白对照。
短暂离心后将PCR管置于荧光定量PCR仪中。
9.3.2反应条件
95℃30s;95℃5s,60℃30s,40个循环。
9.3.3结果判定
9.3.3.1阳性对照Ct值≤30且有明显S型扩增曲线,同时阴性对照和空白对照Ct值>30且无明显S
型扩增曲线,判断结果有效。
9.3.3.2待测样品Ct值≤30且有明显S型扩增曲线,结果为阳性。
9.3.3.3待测样品Ct值>35或无明显S型扩增曲线,结果为阴性。
9.3.3.4待测样品Ct值30<Ct≤35时,样品为疑似阳性,应用其他检测方法确认。
9.4LAMP法
9.4.1反应体系
在荧光PCR管中加入10×ThermoPol缓冲液2.5μL、外侧引物F3和B3各0.5μL,内测引物FIP和BIP各1μL,环引物FLP和BLP各0.5μL,dNTP4μL,甜菜碱4μL,MgSO41μL,BstDNA聚合酶1μL,DNA模板2μL,最后加灭菌双蒸水至25μL体积(或者按商品化预混液说明书配制反应体系)。
同时设阳性对照、阴性对照及空白对照。
短暂离心后将PCR管置于恒温荧光PCR仪中或荧光定量PCR仪中选择SYBR通道。
9.4.2反应条件
63℃扩增40min。
9.4.3结果判定
5
DB33/T2492—2022
9.4.3.1
阳性对照反应产生典型S型扩增曲线且阴性对照和空白对照反应产生非S型扩增曲线时,结
果有效。
9.4.3.2
待测样品反应产生典型S型扩增曲线,结果为阳性。
9.4.3.3
待测样品反应产生类似平直的非S型扩增曲线,则结果为阴性。
9.4.3.4
结果判定可疑时,应用其他检测方法进行确认。
10综合判定
10.1套式PCR结果阳性、或荧光定量PCR结果阳性、或LAMP结果阳性,符合其中一项则判定为样品EHP核酸阳性。
10.2当套式PCR、荧光定量PCR、LAMP中的一种检测方法结果判定可疑时,应选择另一种方法进行确
认。
6
DB33/T2492—2022
附录A
(资料性)
EHP检测方法引物序列及其在靶基因中的位置
A.1EHP套式PCR引物序列及其在靶基因中的位置
A.1.1套式PCR引物序列
套式PCR引物序列及浓度见表A.1。
表A.1EHP套式PCR引物序列
引物名称
引物序列(5’→3’)
引物浓度
扩增片段长度
F514
TTGCAGAGTGTTGTTAAGGGTTT
10μmol/L
514bp
R514
CACGATGTGTCTTTGCAATTTTC
10μmol/L
F147
TTGGCGGCACAATTCTCAAACA
10μmol/L
147bp
R147
GCTGTTTGTCTCCAACTGTATTTGA
10umol/L
A.1.2套式PCR引物在靶基因中的位置
套式PCR引物在EHP靶基因中的位置见图A.1。
5’-ATGTTAGAAGATGCAAAGAGATATGTTGAAAGAAAAATTAAAAAAATTGAATACATTCATACAAAGTTACCAGAAGGTTATGAAG
AAAAACAAAACAGGTACAGAAAAATGCGTGACGAACTAAATGTTTTGCAGAGTGTTGTTAAGGGTTTAAGTAATTACGAGTTTGGCGC
F514F147
ACAATTCTCAAACATTTTCACCATTGGTCAAATACAATTTCAAACACTGTAAACCTTAAAGCATTAAAAAGAGACGATATTTACACAGA
CACAGCATTTGTAGGATATGAGCTTTCAAATACACTTGGACACAAACAGCTTAAAGAAGTTTGCAATGATTTTTCTAAAGCATATGAAT
R147
GCATATCAGAAGATAAAAGGAAAATGAATGAAAAAATGGGAGATATTTTTGAAGAATTAAGTATTTTAAAAAAGAAGTGCAAACAAATTGATCATCAACGCAAAACTGTAAATAACCTAAGATATGATTTAGAAGAAATATTGCAATCAAACATTTATAAAGAAGATCAAAAAGAAAA
TTTAGAAAAAAAATTAGGAGAAACATCTGAAAAAACACTAGTAGAAATGGATGAATTTATGCATTTAAGTATGATAAATGGAGTAATCA
AAATTGCA1G4ACACATCGTEATTTTCC-3'
图A.1EHP套式PCR引物在靶基因中的位置
A.2EHP荧光定量PCR引物序列及其在靶基因中的位置
A.2.1荧光定量PCR引物序列
荧光定量PCR引物序列及浓度见表A.2。
7
DB33/T2492—2022
表A.2EHP荧光定量PCR引物序列
引物名称
引物序列(5’→3’)
引物浓度
扩增片段长度
F118
ACAAAGTTACCAGAAGGTTATGAAG
10μmol/L
118bp
R118
TTGTGCCGCCAAACTCGTA
10μmol/I
8
A.2.2荧光定量PCR引物在靶基因中的位置
荧光定量PCR引物在EHP靶基因中的位置见图A.2。
5’-ATGTTAGAAGATGCAAAGAGATATGTTGAAAGAAAAATTAAAAAAATTGAATACATTCATB
CAAACTTACCAGAAGGTTATGAAG
F118
AAAAACAAAACAGGTACAGAAAAATGCGTGACGAACTAAATGTTTTGCAGAGTGTTGTTAAGGGTTTAAGTAATTACGACTTTGGCGGC
R118
HTTCTCAAACATTTTCACCATTGGTCAAATACAATTTCAAACACTGTAAACCTTAAAGCATTAAAAAGAGACGATATTTACACAGACACAGCATTTGTAGGATATGAGCTTTCAAATACAGTTGGAGACAAACAGCTTAAAGAAGTTTGCAATGATTTTTCTAAAGCATATGAAT
GCATATCAGAAGATAAAAGGAAAATGAATGAAAAAATGGGAGATATTTTTGAAGAATTAAGTATTTTAAAAAAGAAGTGCAAACAAATTGATCATCAACGCAAAACTGTAAATAACCTAAGATATGATTTAGAAGAAATATTGCAATCAAACATTTATAAAGAAGATCAAAAAGAAAATTTAGAAAAAAAATTAGGAGAAACATCTGAAAAAACACTAGTAGAAATGGATGAATTTATGCATTTAAGTATGATAAATGGAGTAATCA
AGAAAATTGCAAAGACACATCGTGAATTTTGC-3’
图A.2EHP荧光定量PCR引物在靶基因中的位置
A.3EHPLAMP引物序列及其在靶基因中的位置
A.3.1LAMP引物序列
LAMP引物序列及浓度见表A.3。
表A.3EHPLAMP引物序列
引物名称
引物序列(5’→3’)
引物浓度
F3
TAGAAGATGCAAAGAGATATGTTGA
10μmol/L
B3
GTTTGTCTCCAACTGTATTTGAAA
10μmol/L
FIP(FIP1+FIP2)
TTACTTAAACCCTTAACAACACTCTAAGTTACCAGAA
- 配套讲稿:
如PPT文件的首页显示word图标,表示该PPT已包含配套word讲稿。双击word图标可打开word文档。
- 特殊限制:
部分文档作品中含有的国旗、国徽等图片,仅作为作品整体效果示例展示,禁止商用。设计者仅对作品中独创性部分享有著作权。
- 关 键 词:
- 国家 地方 技术规范 肝肠 核酸 检测
![提示](https://static.bingdoc.com/images/bang_tan.gif)