1、生物信息学 实验 核酸序列分析核酸序列分析【实验目的】1、 掌握核酸序列检索的基本步骤；2、 熟悉基于核酸序列比对分析的真核基因结构分析（内含子/外显子分析）；3、 掌握使用DNAclub软件进行核酸序列的基本分析；【实验内容】1、使用Entrez信息查询系统检索人瘦素 (leptin) 的mRNA、基因组DNA、外显子等核酸序列，连接提取该序列内容，阅读序列格式的解释，理解其含义；2、使用DNAclub对上述核酸序列进行分析3、使用DNAclub软件对人瘦素 (leptin) 的mRNA序列进行可读框架分析；4、使用NCBI查询系统进行人瘦素 (leptin) 的基因组序列分析【实验方法】1
2、、调用Internet浏览器，并在其地址栏输入Entrez网址：http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez ；2、在Search后的选择栏中选择nucleotide；3、在输入栏输入homo sapiens leptin;4、点击go后显示与LEP相关的序列信息，5、查找人leptin 的mRNA或基因，点击序列接受号后显示序列详细信息； 6、将序列转为FASTA格式保存7、将上述核酸序列输入DNAClub软件进行序列基本分析(反向或互补序列转换，开放阅读框寻找，序列翻译，酶切位点查找)；8、根据基因定位信息查找人瘦素的基因组DNA (Contig) 的序列接受号及序列
3、识别号，点击序列接受号显示序列详细信息；9、分析人瘦素 (leptin) 的基因组序列；查找外显子与内含子序列。【作业】1、归纳对人瘦素 (leptin) 的核酸序列分析的结果，列出主要的分析结果；2、写出人leptin mRNA序列酶切位点3个。ORIGIN 1 gtaggaatcg cagcgccagc ggttgcaagg taaggccccg gcgcgctcct tcctccttct 61 ctgctggtct ttcttggcag gccacagggc cccacacaac tctggatccc ggggaaactg 121 agtcaggagg gatgcagggc ggatgg
4、ctta gttctggact atgatagctt tgtaccgagt . 10681 ctccttgcag tgtgtggttc cttctgtttt caggcccaag aagcccatcc tgggaaggaa 10741 aatgcattgg ggaaccctgt gcggattctt gtggctttgg ccctatcttt tctatgtcca 10801 agctgtgccc atccaaaaag tccaagatga caccaaaacc ctcatcaaga caattgtcac 10861 caggatcaat gacatttcac acacggtaag gagag
5、tatgc ggggacaaag tagaactgca 10921 gccagcccag cactggctcc tagtggcact ggacccagat agtccaagaa acatttattg . 13021 aggcagccca gagaatgacc ctccatgccc acggggaagg cagagggctc tgagagcgat 13081 tcctcccaca tgctgagcac ttgttctccc tcttcctcct gcatagcagt cagtctcctc 13141 caaacagaaa gtcaccggtt tggacttcat tcctgggctc cacc
6、ccatcc tgaccttatc 13201 caagatggac cagacactgg cagtctacca acagatcctc accagtatgc cttccagaaa 13261 cgtgatccaa atatccaacg acctggagaa cctccgggat cttcttcacg tgctggcctt 13321 ctctaagagc tgccacttgc cctgggccag tggcctggag accttggaca gcctgggggg 13381 tgtcctggaa gcttcaggct actccacaga ggtggtggcc ctgagcaggc tgcag
7、gggtc 13441 tctgcaggac atgctgtggc agctggacct cagccctggg tgctgaggcc ttgaaggtca 13501 ctcttcctgc aaggactacg ttaagggaag gaactctggc ttccaggtat ctccaggatt . 16081 cactagatgg cgagcatcct ggccaacatg gtgaaacccc gtctctacta aaaacacaaa 16141 agttagctga gcgtggtggc gggcgcctgt agtcccagcc actcgggagg ctgagacagg 1620
8、1 agaatcgctt aaacctggga ggcggagagt acagtgagcc aagatcgcgc cactgcactc 16261 cggcctgatg acagagcgag attccgtctt aaaaaaaaaa aaaaaaaagt ttgtttttaa 16321 aaaaatctaa ataaaataac tttgccccct gc在genbank查询到有关leptin基因的资料，阅读资料回答以下问题：在genbank的登录号是哪个？属于leptin 的哪一种分子类型？来源于什么物种？该基因在染色体上的定位情况？Leptin基因有几个外显子，几个内含子？哪一段是OR
9、F区域，其编码的蛋白质检索号是哪个，编码的蛋白质包含多少氨基酸，信号肽、成熟肽序列分别为哪一段，LOCUS NM_000230 3444 bp mRNA linear PRI 13-DEC-2009DEFINITION Homo sapiens leptin (LEP), mRNA.SOURCE Homo sapiens (human) source 1.3444 /organism=Homo sapiens /mol_type=mRNA /chromosome=7 /map=7q31.3 gene 1.3444 /gene=LEP /db_xref=GeneID:3952 exon 1.29
10、 /number=1 exon 30.201 /number=2 CDS 58.561 /product=leptin precursor /protein_id=NP_000221.1 sig_peptide 58.120 mat_peptide 121.558 exon 202.3427 /number=3LOCUS NC_000007 16352 bp DNA linear CON 10-JUN-2009DEFINITION Homo sapiens chromosome 7, GRCh37 primary reference assembly.ACCESSION NC_000007 R
11、EGION: 127881331.127897682 GPC_000000031SOURCE Homo sapiens (human)FEATURES Location/Qualifiers source 1.16352 /organism=Homo sapiens /mol_type=genomic DNA /db_xref=taxon:9606 /chromosome=7 gene 1.16352 /gene=LEP /note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: BestRef
12、seq. /db_xref=GeneID:3952 mRNA join(1.29,10714.10885,13127.16352) /product=leptin /note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: BestRefseq. /transcript_id=NM_000230.2 /db_xref=GeneID:3952 CDS join(10742.10885,13127.13486) /note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: BestRefseq. /codon_start=1 /product=leptin precursor /protein_id=NP_000221.1 /db_xref=GeneID:3952
