1、如果你在使用Gentoo，请确保编译python时添加了tcl/tk支持，否则运行是会提示错误 No module named _tkinter# USE=tcl tk emerge python好了，下面我们就可以进入Pymol的世界了。基本的鼠标操作里主要介绍一下Pymol的基本操作，包括窗口菜单、加载文件、图像的基本鼠标操作等等。当你打开Pymol后，你将会看到如下图所示的界面：该界面分为2窗口，上面的外部GUI窗口（External GUI）和下面的Viewer Window。Viewer Window又分为左右两块，左边用来显示结构图像的（Viewer），右边则是一个内部GUI窗口（
2、Internal GUI）。Viewer自身包含一个命令行（如图中左下方的PyMOL提示符），可以用来输入Pymol命令；在Inernal GUI中则可以选定一些特定的对象并完成一些操作。External GUI则包含一个标准菜单、一个输出区、一个命令行输入区以及右边的一些常用命令按钮。请注意，标准的“复制、剪切和粘贴”操作只能在External GUI中完成，并且必须使用“CtrlC、CtrlX以及CtrlV”来完成，这也是这个所谓的外部GUI的最重要的优点。加载文件，有二种方法：1.在External GUI中选择File Open 2.使用命令行：load 例如我们现在从.pdb.org
3、上下载了一个离子通道蛋白的pdb文件（PENTAMERIC LIGAND GATED ION CHANNEL FROM ERWINIA CHRYSANTHEMI），名字为2vl0.pdb，然后用pymol打开它：load 2vl0该蛋白质的结构就被显示出来啦，如下图：基本的图像操作:是不是觉得上面的那个三维结构图看起来乱七八糟的阿，那是因为蛋白质分子都是由成千上万个原子组成的，而Pymol打开pdb文件时是默认把所有的原子都显示在那个小小的Viewer窗口里面的，当然看起来就很乱了。这时候就需要我们对这个图像进行一些操作，来得到漂亮的清晰的蛋白质三维结构图。先说说鼠标吧。任意旋转图像：对准图像
4、的任意处点住鼠标左键然后移动鼠标。放大/缩小图像：对准图像的任意处点住鼠标右键然后移动鼠标：向上是缩小，向下则是放大。移动图像：对准图像的任意处点住鼠标中键或者滚轮，然后移动鼠标。设定图像旋转中心： CtrlShift鼠标中键或滚轮。移动剪切平面： Shift鼠标右键。鼠标上下移动：调整前剪切平面（离你近的）；鼠标左右移动：调整后剪切平面（离你远的）。最后一项“移动剪切平面”有点不容易理解，需要多试几次。配合下面的示意图你会发现Pymol的这项设定其实很方便。今天没时间了，明天还要出远门，就学到这里吧，用下面这个图作为结束，其实就是用cartoon的形式显示了上面的那个蛋白质，不过还比较难看。
5、By wei luPyMOL用法（教程二）基础Pymol命令这里主要介绍一下Pymol的一些基本命令操作。就像Linux一样，要想更好的操作Pymol，掌握一些常用的命令是必不可少的。 Pymol是区分大小写的，不过目前为止Pymol还是只用小写，所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。当你开始用Pymol来完成一个项目时，你也许想会让Pymol自动保存你所有输入过的命令，以方便日后你再次读取并修改。这个可以通过创建一个log文件来达到，该文件的后缀名应为.pml，记住，Pymol像Linux一样支持Tab键命令补全：Pymol log_open log-file-name.pml如果你想终止
6、记录，只需要键入： log_close好了，现在载入pdb文件（继续前用的pdb文件）： load 2vlo.pdb现在Pymol就创建了一个叫2vlo的对象，你可以在内部GUI窗口里面看见这个项目的名字。但是你也可以自己定义该项目的名字（如test）： load 2vlo.pdb, test下面说说如何来操作你新建的对象。首先： show representationPymol hide representation其中representation可以为：cartoon, ribbon, dots, spheres, surface和mesh。使用这2个命令可以让Pymol以不同的方式显示蛋
7、白质结构。例如当我们键入： hide lines show ribbon我们将得到如下结果：也许你已经注意到结构中有2个一模一样的蛋白质分子，只是方向不同而已，那么如何让Pymol只显示当中的一个分子呢？首先输入如下命令： label all, chains这个命令的作用是让Pymol给蛋白质结构中的“链”编号，你会发现，第一个分子由“链”AE组成，第二个则由FJ组成。好了，如果我们想把一个蛋白质分子去掉，那么只要把“链”AE或者FJ去掉即可： hide ribbon, chain f+g+h+i+j上面的东东还可以这样完成： select test, chain f+g+h+i+j hide
8、 ribbon, test上面的第一句命令的作用是选择“链”FJ，并命名为test，然后在第二句命令中隐藏它。这样做的好处是，一旦你选择并命名了某个目标，你可以在后面随时对它进行各种操作。并且你在右边的控制面板里面也可以看到你选定的目标，并可以对其进行操作。比如你可以： hide everything, test show cartoon, test这样你会得到：说到这里就提到了Pymol的一个比较重要的东东，就是选择并命名目标，它的基本语法就是： select selection-name, selection-expression其中名字可以由字母A/aZ/z，数字09已经下划线_组成，但
9、是要避免使用：! # $ % & * （ ） | ? /如果你要删除你选定的目标或者整个对象，你可以： delete selection-namePymol delete object-name下面讲讲如何给对象以及目标改变颜色。预定义的颜色名字可以在外部GUI窗口的Settings Colors中找到： color color-namePymol color color-name, selection-expression比如我们可以： color red, ss h color yellow, ss s color green, ss l+其中“ss”代表secondary structu
10、re，“h”代表Helix，“s”代表Beta sheet，l+代表Loop和所以其他结构。这3句的作用分别是把所有的Helix变成红色；把所有的Beta sheet变成黄色；把所有的Loop以及其他部分变成绿色，于是我们得到：Pymol可以同时打开多个pdb文件： load object-name-1.pdbPymol load object-name-2.pdb如果你想暂时关闭/打开某个对象，可以这样： disable object-name-1Pymol enable object-name-1你也可以用disable命令去除最后一个选择的目标上出现的粉红色的小点，但是该命令并不会使你选
11、定的目标不可见。 disable selection-name使用鼠标通常是改变图像视角的最方便的办法，不过命令如zoom，orient等等有时候使用起来也是很有用的，它们提供了另一种改变图像视角的办法。放大选定目标： zoom selection-name定向选定目标，可以使选定目标最大的尺寸水平显示，次大的尺寸竖直显示： orient selection-name你也可以用view命令保存你目前的视角，注意，该命令只保存视角，并不保存你的对象显示方式： view key, action其中“key”是你随便给当前视角定的名字，“action”可以为：store或者recall。如果不加任何
12、“action”，则默认为recall： view v1, store view v1, recall view v1说了这么多，最后说说如何保存文件吧。Pymol有3个层面的保存方式，下面来分别说说。1.使用log_open命令把你所有使用过的命令记录为一个文本文档： log_open script-file-name这样以后当你再次调用该文档时，Pymol将执行上面的所有命令： script-file-name不过注意，如果你想记录当前视角，则必须使用get_view命令。你可以选择外部GUI窗口中的File Append/Resume/Close Log来分别暂停记录/恢复记录/停止记录
13、该文档。你可以随时编辑该文档。在linux下，该文档的默认保存目录为当前用户的home目录。2.如果你想下次打开Pymol时直接回到当前所在的状态，那么你可以选择外部GUI窗口里面的File Save Session，创建一个会话文件（.pse）。该会话文件和上面提到的文档文件的区别在于，首先文档文件可以编辑，但会话文件不可以；记录文档文件前必须先运行log_open命令，而会话文件可以随时创建；最后文档文件以文档形式运行（），而打开会话文件则必须选择外部GUI窗口中的File Open。什么时候需要创建会话文件呢？比如当你在某时有多个选择时，你可以保存当前状态，然后一一尝试这些选择，不满意时
14、只需要重新打开该会话文件即可。也就是说创建会话文件起到了“undo”的作用，这正是Pymol所缺少的。希望开发者能赶快加入该功能，那么这个会话文件好像就没什么大用了，呵呵。3.如果你觉得当前显示窗口里面显示的结构图像已经满足你的要求了，你可以把它保存为图片。在这之前你可以使用ray命令来优化你的图像，它可以使你的图像具有三维的反射及阴影特效： ray pngyour_path/image_name最后就用该命令导出的图片结束这次笔记吧。Pymol命令的语法与目标选择的表达上次介绍一些Pymol的基本命令。现在来具体说说Pymol命令的语法，还有在选择操作目标应该如果表达。个人觉得这部分内容对学
15、习Pymol来说是至关重要的。从上次讲的一些例子中不难看出，Pymol的命令都是由关键词（keyword）加上一些变量（argument）组成，格式如下： keyword argument其中关键词（keyword）当然是必须的，而变量则不是必须的，比如退出命令quit就不需要附加变量： quit当然更多的命令通常是需要加变量的，比如放大命令zoom，但是你会发现即使你不加任何变量该命令也可以被执行，这是因为Pymol的许多命令有一个默认变量，下面两个命令的作用是一样的，其中的目标选择all就是zoom的默认变量： zoom zoom all还有些命令可以带多个参数，比如加色命令color，它
16、的用法如下：第一个color虽然只带一个变量color-name，但其实它包含了第二个默认变量all，所以它的作用是把整个结构变成的颜色。第二个color带两个变量，和第一个的区别就是把默认的目标选择变量all变成了selection-expression，也就是说只有被这个变量选中的部分才会被变成定义的颜色。要注意的是，如果一个命令带多个变量，则这些变量之间必须用逗号,隔开。通过这个例子，大家可以发现，有些变量本身是很简单的，比如，就是一个颜色名字而已，没什么复杂的。另一些则不一样，比如，它可以很简单，也可以非常的复杂。这个东东，我称之为选择表达，对Pymol命令的使用非常重要，所以下面要详
17、细的讲一下。选择表达（selection-expression）表示的实际就是一些被选中的部分，它们可以是一些个原子，一些个Helix，一些个Beta sheet，或者它们的混合物。你可以给你的选择表达起个名字，以便可以多次使用它们。名字可以由大小写字母，数字以及下划线_组成，但是因避免使用下列符号：选择表达由所谓的selector加上identifier组成，其中定义了某类属性，而则在该类属性下需要被选择的部分。如下例： select test, name c+o+n+ca其中name就是一个selector，它表示在pdb文件中描述的原子的名字；c+o+n+ca则是对应的indentifi
18、er，它表示我们要选择pdb文件中名字叫ca+cb的原子（ca代表alphacarbon，cb代表betacarbon）。整个语句的作用就是选择上诉的原子并命名为test，这样我们可以在后面继续使用它。下表列出了大多数的selector：Selector简写Identifier及例子symbole.chemical-symbol-list周期表中的元素符号Pymol select polar, symbol o+nnamen.atom-name-listpdb文件中的原子名字Pymol select carbons, name ca+cb+cg+cdresnr.residue-name-lis
19、t氨基酸的名字Pymol select aas, resn asp+glu+asn+glnresii.residue-identifier-listpdb文件中基团的编号Pymol select mults10, resi 1+10+100residue-identifier-range select nterm, resi 1-10altalternate-conformation-identifier-list一些单字母的列表，选择具有2种构型的氨基酸Pymol select altconf, alt a+bchainc.chain-identifier-list一些单字母或数字的列表Py
20、mol select firstch, chain asegis.segment-identifier-list一些字母（最多位）的列表Pymol select ligand, segi ligflagf.flag-nummer一个整数（）Pymol select f1, flag 0numeric_typent.type-nummer一个整数Pymol select type1, nt. 5text_typett.type-string select subset, tt. HA+HCidexternal-index-number select idno, id 23indexidx.int
21、ernal-index-number select intid, index 23sssecondary-structure-type代表该类结构的单字母Pymol select allstrs, ss h+s+l+下表是另一些Selector，有关比较的：bparison-operator b-factor-value一个实数，用来比较b-factor select fuzzy, b 12qparison-operator occupancy-value一个实数，用来比较occupancy select lowcharges, q 0.5formal_chargefc.parison-ope
22、rator formal charge-value一个整数，用来比较formal charge select doubles, fc. = -1partial_chargepc.parison-operator partial charge-value一个实数，用来比较partial charge select hicharges, pc. -1另外有一些Selector是不需要Identifier的，它们被列在下表中：描述all*所有当前被Pymol加载的原子none什么也不选hydroh.所有当前被Pymol加载的氢原子hetatmhet所有从蛋白质数据库HETATM记录中加载的原子vis
23、iblev.所有在被“可见”的显示的对象中的原子presentpr.所有的具有定义坐标的原子在Identifier中用到的原子以及氨基酸的命名规则可以在下面的网址中找到：.wwpdb.org/docs.html在选择表达中，selector还可以配合逻辑操作子（logical operator）使用，这样我们可以表达更加复杂的选择。这些操作子被列于下表中：Operator效果与例子not s1 s1选择原子但不包括s1中的Pymol select sidechains, ! bbs1 and s2s1 & s2选择既在s1又在s2中的原子Pymol select far_bb, bb & fa
24、rfrm_tens1 or s2s1 | s2选择s1或者s2中的原子（也就是包含全部的s1和s2原子）Pymol select all_prot, bb | sidechains1 in s2选择s1中的那些原子，其identifiers （name, resi, resn, chain, segi）全部符合s2中对应的原子Pymol select same_atom, pept in prots1 like s2s1 l. s2选择s1中的那些原子，其identifiers （name, resi）符合s2中对应的原子Pymol select similar_atom, pept like
25、 prots1 gap X选择那些原子，其van der Waals半径至少和s1的van der Waals半径相差X select farfrm_ten, resi 10 gap 5s1 around Xs1 a. X选择以s1中任何原子为中心，X为半径，所包括的所有原子Pymol select near_ten, resi 10 around 5s1 expand Xs1 e. X选择以s1中任何原子为中心，X为半径，然后把s1扩展至该新的范围所包含的所有原子Pymol select near_ten_x, near10 expand 3s1 within X of s2s1 w. X of s2选择以s2为中心，X为半径，并包含在s1中的原子Pymol select bbnearten, bb w. 4 of resi 10byres s1br. s1把选择扩展到全部residue select plete_res, br. bbnear10byobject s1bo. s1把选择扩展到全部object select near_obj, bo. near_resneighbor s1nbr. s1选择直接和s1相连的原子
