1、3疾病风险预测4临床遗传学5 DNA甲基化程度定量分析6法医学鉴定焦磷酸测序法应用于肿瘤基因突变及甲基化、个性化用药相关检测相比荧光定量PCR法和Sanger测序法检测，具有更高的灵敏度，准确性和更高的通量，结果直观，判读更加简单、准确、快速，具有明显的优势。二、荧光定量PCR （Roche LlightCyclerTM 480）结合高分辨融解曲线平台高分辨率熔点曲线分析（High Resolution Melting Analysis，HRM），无需序列特异性探针，无需测序，也不受突变碱基位点与类型的局限，应用Roche LlightCyclerTM 480荧光定量PCR仪器分析，即可完成对
2、样品基因型的判断： 操作简便快捷通过实时荧光PCR+HRM技术，90分钟即可获得多达数十个样本的检测结果。 灵敏度高最低检测限为5-10个基因拷贝。 选择性好可在混有野生型基因组DNA情况下，检测出0.1-0.01的突变基因，是测序方法的25倍-250倍。 可检测血清、血浆、尿沉渣等样本的微量突变或异常甲基化基因，可动态监测肿瘤靶向药物治疗后的突变情况。三、荧光原位杂交（FISH）平台FISH（fluorescence in situ hybridization）技术是一种重要的非放射性原位杂交技术。它的基本原理是:如果被检测的染色体或DNA纤维切片上的靶DNA与所用的核酸探针是同源互补的，二
3、者经变性-退火-复性，即可形成靶DNA与核酸探针的杂交体。将核酸探针的某一种核苷酸标记上报告分子如生物素、地高辛，可利用该报告分子与荧光素标记的特异亲和素之间的免疫化学反应，经荧光检测体系在镜下对待测DNA进行定性、定量或相对定位分析。FISH技术作为非放射性检测体系，具有以下优点:1、荧光试剂和探针经济、安全；2、探针稳定，一次标记后可在两年内使用；3、实验周期短、能迅速得到结果、特异性好、定位准确；4、FISH可定位长度在1kb的DNA序列，其灵敏度与放射性探针相当；5、多色FISH通过在同一个核中显示不同的颜色可同时检测多种序列；6、既可以在玻片上显示中期染色体数量或结构的变化，也可以在
4、悬液中显示间期染色体DNA的结构。该技术不但可用于已知基因或序列的染色体定位，而且也可用于未克隆基因或遗传标记及染色体畸变的研究。在基因定性、定量、整合、表达等方面的研究中颇具优势。 不同的血液肿瘤往往有其特异的染色体异常（异位、错配等），利用FISH技术检测血液肿瘤的细胞遗传学改变，为血液肿瘤的诊断，预后评估，治疗监测等提供了重要依据。 肿瘤个性化用药方面，运用FISH技术检测肿瘤基因基因拷贝数检测，相比免疫组化和定量PCR更加准确、灵敏、客观，可指导临床肿瘤靶向药物的治疗。基因单项解释EGFR基因外显子18,19,21,20/T790M突变检测以表皮生长因子受体（EGFR）作为靶点的靶向药
5、物是靶向治疗中的重要一部分。目前FDA已经批准的作用于EGFR的靶向药物包括EGFR酪氨酸激酶抑制剂（EGFR-TKI），包括吉非替尼（易瑞沙，阿斯利康制造）和厄洛替尼（特罗凯，罗氏制造）。临床应用表明，EGFR-TKI仅对部分病人有效，进一步研究发现，EGFR基因外显子18,19,21突变是EGFR-TKI靶向药物起作用的前提条件；而外显子20/T790M突变是造成继发耐药的主要原因。因此，专家推荐在使用EGFR-TKI靶向药物之前进行EGFR基因外显子18，19，21，20/T790M突变检测有助于提高用药的针对性，避免不必要的损失。EGFR靶向药物疗效EGFR基因外显子18，19,21，
6、20/T790M突变EGFR-TKI可专一性的抑制EGFR而减缓肿瘤细胞的生长，但不会降低用药者血液中的白血球、血小板，也不会导致患者出现呕吐、掉发等常见于化疗中的副作用。研究表明，肺癌组织中EGFR酪氨酸激酶基因编码区外显子18,19或21突变的患者，使用EGFR-TKI治疗的有效率可达80%以上；外显子20/T790M突变率在肺癌病人中占50%。临床实践表明，EGFR-TKI仅对10-30%的非小细胞肺癌（NSCLC）患者有显著疗效。进一步的研究发现,EGFR基因酪氨酸激酶区突变是EGFR-TKI起作用的必要前提条件；而有部分病人在使用靶向药物治疗一段时间后会出现继发耐药。临床实践表明，E
7、GFR外显子18,19,21突变的分布与EGFR-TKI治疗非小细胞肺癌（NSCLC）的优势人群相一致，主要见于女性、非吸烟者、肺腺癌及亚裔患者；外显子20/T790M突变不仅对EGFR酪氨酸激酶抑制剂产生耐药，而且T790M突变还导致肿瘤细胞生长加速。ERCC1基因表达检测在化疗药物中，顺铂（CDDP）、卡铂（CBP）和奥沙利铂（L-OHP、草酸铂、乐沙定）等铂类药物是目前临床上最常用的肿瘤化疗物之一。这类药物的耐药有多个因素参与，其中DNA修复（特别是核苷酸切除修复， NER）能力加强，是铂类化疗耐药性产生的主要机制之一。铂类化疗药物ERCC1基因表达铂类药物的药理作用主要是引起靶细胞DN
8、A链内和链间的交联，阻碍DNA合成与复制，从而抑制肿瘤细胞的生长。ERCC1（excision repair cross complement group1）是核酸外切修复家族中重要成员，为NER系统关键成员，参与DNA链的切割和损伤识别。ERCC1的表达直接影响DNA的修复过程。铂类药物广泛用于各种肿瘤的临床治疗，包括非小细胞肺癌、小细胞肺癌、宫颈癌、卵巢癌、膀胱癌、头颈部癌等。所有肿瘤细胞均有ERCC1基因的表达，但表达差异很大。临床研究表明，ERCC1表达水平低的患者对铂类药物敏感，反之耐药。铂类药物虽是化疗的经典药物，但许多患者采用铂类药物治疗后疗效差异很大且出现不同程度的毒副作用。采
9、用个体化检测对患者“分门别类”的治疗有助于提高用药的准确性和针对性。用药相关检测项目表结直肠癌药物检测基因（具体检测项目见后面目录）靶向药物西妥昔单抗（爱必妥）、帕尼单抗（维克替比）（血）K-ras突变、（血）B-raf突变、EGFR拷贝数、PIK3CA突变、PTEN mRNA、VEGFR2 mRNA化疗药物5-FU、卡培他滨MTHFR SNP-C677T、DPD SNP-IVS14+1GA、TS mRNA卡铂、顺铂、奥沙利铂ERCC1 mRNA、BRCA1 mRNA、ERCC1 SNP、XRCC1 SNP、GSTM1 SNP、GSTP1 SNP-I105V伊立替康UGT1A1 SNP胃癌曲妥
10、珠单抗（赫赛汀）HER2拷贝数、PIK3CA突变厄洛替尼（特罗凯）、吉非替尼（易瑞沙）（血）EGFR突变、（血）K-ras突变、EGFR拷贝数拉帕替尼（泰克泊）、索拉菲尼（多吉美）PDGFR mRNA、VEGFR2 mRNA、 VEGF mRNAMTHFR SNP、DPD SNP、TS mRNA表阿霉素、阿霉素GSTP1 SNP、MDR1 SNPERCC1 mRNA、BRCA1 mRNA、ERCC1 SNP、XRCC1 SNP、GSTM1 SNP、GSTP1 SNP吉西他滨（泽菲）RRM1 mRNA紫杉醇、多西紫杉醇TUBB3 mRNA、STMN1 mRNA、GSTP1 SNP培美曲塞TS m
11、RNA、TYMS SNP依托泊苷UGT1A1 SNP、MGMT甲基化胃肠道间质瘤伊马替尼（格列卫）、舒尼替尼（索坦）C-Kit突变、PDGFR突变肝癌靶向索拉菲尼（多吉美）、舒尼替尼 （索坦）PDGFR mRNA、VEGFR mRNA、VEGF mRNA贝伐单抗（安维汀）VEGFR mRNA、VEGF mRNA化疗ERCC1 SNP、ERCC1 mRNA、BRCA1 mRNA、XRCC1 SNP、GSTP1 SNP、 GSTM1 SNPMTHFR SNP、 DPD SNP、 TS mRNA阿霉素丝裂霉素NQO1 SNP依托泊苷、伊立替康乳腺癌曲妥珠单抗、拉帕替尼激素类来曲唑（芙瑞）、阿那曲唑（
12、艾达）CYP19A1 SNP、CYP19A1 SNP、HER-2 mRNA他莫昔芬CYP2D6 SNP mRNA、ERCC1 SNP、XRCC1 SNP、GSTM1 SNP、GSTP1 SNP环磷酰胺CYP2C9 SNP甲氨蝶呤MTHFR检测套餐乳腺癌21基因+复发风险评估卵巢癌VEGFR2 mRNA、VEGF mRNA胰腺癌 mRNA、ERCC1 SNP、XRCC1、GSTM1 SNP、GSTP1 SNP肾透明细胞癌索拉菲尼（多吉美）、舒尼替尼（索坦）、VEGFR2 mRNA、 PDGFR mRNAMTHFR SNP、DPD SNP、TS mRNA 脑胶质瘤拉帕替尼PIK3CA突变替莫唑胺M
13、DR1 SNP卡莫司汀、司莫司汀ERCC1 mRNA、ERCC2 mRNAMTHFR SNP分子靶向药物个体化用药检测目录项目名称方法适用样本注解特罗凯-厄洛替尼易瑞沙-吉非替尼EGFR突变多态性5项测序组织、胸腹水、全血等In1（CA）n重复16-疗效Ex18、19、21突变-疗效Ex20/T790M突变-耐药EGFR突变-36个位点qPCR-ARMS组织、胸腹水血EGFR突变-36个位点HRM/测序全血、胸腹水等血EGFR突变-20/T790MHRMEGFR拷贝数FISH白片、组织扩增-疗效克卓替尼EML4-ALK融合基因PCR石蜡组织阳性-疗效爱必妥、特罗凯、易瑞沙等K-ras突变-12
14、、13组织突变-疗效、预后血K-ras突变-12、13爱必妥-西妥昔单抗维克替比-帕尼单抗B-raf突变-V600E突变-疗效血B-raf突变PIK3CA突变-9、20测序/qPCRPTEN mRNAqPCR组织*预约表达高-疗效安维汀-贝伐珠单抗、阿瓦斯汀VEGF mRNAVEGFR2 mRNA多吉美-索拉非尼、索坦-舒尼替尼PDGFR mRNA格列卫-伊马替尼C-Kit-9、11、13、17突变-疗效PDGFR突变-12、18格列卫、达沙替尼、尼罗替尼ABL突变-T315I全血、骨髓血慢粒：赫赛汀-曲妥珠单抗、拉帕替尼HER2拷贝数肺癌套餐-组织（特罗凯、爱必妥等）EGFR突变5项、K-r
15、as、B-raf突变K-ras、B-raf突变-疗效肺癌套餐-血血EGFR-36个位点、K-ras、B-raf突变HRM/Cold-PCR全血、穿刺组织、胸腹水等肺癌动态-血（继发耐药）血EGFR20/T790K-ras、B-raf突变EGFR-20/T790M突变-耐药乳腺癌21基因+复发风险评估21基因表达量低风险 中风险 高风险：RS18 18rsC/T、T/TXRCC1 SNP-R399QG/GG/A、A/AGSTM1 SNP缺失-/-+/+GSTP1 SNP-I105VG/G、G/AA/AMTHFR SNP-C677TT/TC/CDPD SNP-IVS14+1GA毒性A/AA/GG/
16、GUGT1A1 SNP-28TA6/7TA、7/7TA6/6TA铂类-卡铂、顺铂、奥沙利铂ERCC1 mRNA表达低表达高BRCA1 mRNA全血氟类-5-FU、卡培他滨5-FUHPLC全血*预约浓度药物血浓度监测TYMS（TS）mRNA培美曲赛-力比泰TYMS SNP-2R/3R3R/3R2R/2R、2R/3R蒽环类-（表）阿霉素、表柔比星、多柔比星MDR1 SNP-C3435TC/C、C/T抗微管类-紫杉醇、长春碱TUBB3 mRNASTMN1 mRNA泽菲-吉西他滨喜树碱类-艾力、伊力替康阿那曲唑-艾达来曲唑-芙瑞CYP19A1 SNP-rs4646G/T、T/TCYP19A1 SNP-rs10046CYP2C9 SNP-C430TC/C、C/TT/TCYP2C9 SNP-A1075CA/A、A/CC/C、MTHFR C677T依托泊苷、拓扑替康MGMT甲基化
