1、现代分子生物学 复习笔记现代分子生物学复习提纲第一章绪论第一节 分子生物学的基本含义及主要研究内容1分子生物学 Molecular Biology的基本含义广义的分子生物学：以核酸和蛋白质等生物大分子的结构及其在遗传信息和细胞信息传递中的作用为研究 对象，从分子水平阐明生命现象和生物学规律。狭义的分子生物学：偏重于核酸（基因）的分子生物学，主要研究基因或 DNA的复制、转录、表达和调控等过程，也涉及与这些过程相关的蛋白质和酶的结构与功能的研究。1.1分子生物学的三大原则1） 构成生物大分子的单体是相同的2） 生物遗传信息表达的中心法则相同3） 生物大分子单体的排列（核苷酸、氨基酸）的不同1.3
2、分子生物学的研究内容 DNA重组技术（基因工程）基因的表达调控生物大分子的结构和功能研究（结构分子生物学）基因组、功能基因组与生物信息学研究第二节分子生物学发展简史1准备和酝酿阶段时间：19世纪后期到20世纪50年代初。 确定了生物遗传的物质基础是 DNA。DNA是遗传物质的证明实验一：肺炎双球菌转化实验DNA是遗传物质的证明实验二：噬菌体感染大肠杆菌 实验RNA也是重要的遗传物质-烟草花叶病毒的感染和繁殖过程2建立和发展阶段1953年Watson和Crick的DNA双螺旋结构模型作为现代分子生物学诞生的里程碑。主要进展包括：遗传信息传递中心法则的建立3发展阶段基因工程技术作为新的里程碑，标志
3、着人类深入认识生命本质并能动改造生命的新时期开始第三节分子生物学与其他学科的关系思考证明DNA是遗传物质的实验有哪些？ 分子生物学的主要研究内容。列举510位获诺贝尔奖的科学家，简要说明其贡献。第二章染色体与DNA第一节染色体1.作为遗传物质的染色体特征 ：分子结构相对稳定能够自我复制能够指导蛋白质的合成，从而控制整个生命过程 ；能够产生遗传的变异。2真核细胞染色体组成(1)DNA(2) 蛋白质(包括组蛋白和非组蛋白) (3)少量的RNA组蛋白：呈碱性，结构稳定；与 DNA结合形成、维持染色质结构，与 DNA含量呈一定的比例非组蛋白：呈酸性，种类和含量不稳定；作用还不完全清楚3.染色质和核小体
4、染色质是一种纤维状结构，由最基本的单位 一核小体(nucleosome)成串排列而成的。4.真核生物基因组 DNA的C值和重复序列C值(C Value):指一种生物单倍体基因组的 DNA总量。生物体进化程度高低与 C值不成明显线性相关； 亲缘关系相近的生物 C值却相差大。高等生物的C值不一定比低等生物的 C值高。C值变化范围宽意味着生物基因组中含有大量的无编码功能的重复序列。DNA序列可分为3类：(1)不重复序列：是主要的结构基因(2)中度重复序列各种rRNA、tRNA、组蛋白基因以及某些结构基因属于这一类。中度重复序列往往分散在不重复序列之间。(3)高度重复序列一一卫星 DNA :不转录序列
5、。思考：DNA的C值和重复序列.？5.原核生物基因组特点1) 原核生物的基因组很小，大多只有一条染色体，且 DNA含量少，没有重复序列。DNA和功能起转录为可翻译多注意：染色体外遗传基因的概念：即细菌的质粒、真核生物的线粒体、高等植物的叶绿体等所含有的 基因。2)结构简练3)存在转录单元：原核DNA序列中功能相关的基因丛集在基因组的特定部位， 形成转录单元，它们可被个蛋白质的 mRNA分子，这种 mRNA叫多顺反子 mRNA。注意：原核生物的 mRNA是多顺反子 mRNA ;真核生物 mRNA是单顺反子 mRNA4) 有重叠基因：在一些细菌和动物病毒中同一段 DNA能携带两种不同蛋白质的信息。
6、6.真核生物基因组的结构特点 真核基因组庞大 存在大量的重复序列 90%以上为非编码序列 转录产物为单顺反子断裂基因，含有内含子有大量顺式作用元件（见第八章）存在大量的DNA多态性具有端粒结构第二节DNA的结构1.DNA的一级结构：指四种核苷酸（dAMP、dCMP、dGMP、dTMP）按照一定的排列顺序，通过磷酸二酯键连接形成的多核苷酸， 也称为碱基顺序2.DNA的二级结构定义：指两条多核苷酸链反向平行盘绕所产生的双螺旋结构。3.DNA双螺旋结构模型的要点：1脱氧核糖和磷酸通过 3 ,5磷酸二酯键交互连接，成为螺旋链的骨架。2碱基互补配对3螺旋参数：螺旋直径2 nm。螺旋每旋转一周10对碱基，
7、每个碱基的旋转角度为 36;螺距3.4nm；碱基平面之间的距离为0.34nm。4大沟小沟 ：大沟（2. 2nm）小沟（1.2nm）4. 维持DNA双螺旋的力：氢键、碱基堆集力（包括疏水作用力和范德华力。 ）、磷酸基团间的静电斥力、碱基分子 内能总之：氢键和碱基堆集力有利于 DNA维持双螺旋结构，而静电斥力和碱基分子内能则不利于 DNA维持双螺旋结构。5. 双螺旋结构的基本形式 ：A , B , Z型双螺旋Z-DNA有什么生物学意义呢？Z-DNA在热力学上是不利的。带负电荷的磷酸根距离太近，产生静电排斥。DNA链的局部不稳定区的存在就成为潜在的解链位点。DNA解链是DNA复制和转录等过程中必要的
8、环节，因此 Z-DNA的结构与基因表达调控有关。6.DNA的超螺旋结构（三级结构）超螺旋的类型：负超螺旋、松弛 DNA、正超螺旋（转化相关物质：拓扑异构酶、溴化乙锭）超螺旋的意义：1超螺旋形式是DNA分子复制和转录的需要；2超螺旋可使DNA分子形成高度致密的状态从而 得以容纳于有限的空间。7.DNA的理化性质-变性和复性 常用的变性方法：热变性、碱变性 核酸变性程度的鉴定-紫外测定法：第三节DNA的复制概述1DNA复制的基本机理一半保留复制DNA半保留复制的意义：保证DNA代谢的稳定性。稳定性是相对的，变异是绝对的2DNA复制的起点、方向和速度1） 起点：复制子：从复制原点（ori ）到终点，
9、组成一个复制单位。原核生物：只有一个复制子真核生物：多个复制子2） 方向：双向等速复制：大多数生物体内 DNA。单向进行：有些病毒（如腺病毒等） 、质粒 DNA及线粒体 DNA。不对称复制：在一定时期内 DNA只复制一条链的情况。如线粒体的D-环复制和噬菌体的滚环复制方式。3复制的几种方式1） 线状DNA双链的复制2） 环状DNA双链的复制：0型、滚环复制、D环思考：原核生物基因组特点。DNA双螺旋结构模型的要点？DNA的变性和复性？DNA复制的几种方式。第四节原核生物和真核生物 DNA复制特点1原核生物复制的特点1） DNA双螺旋的解旋解旋酶（helicase）:解开氢键，形成单链。利用 A
10、TP水解获得的能量来打断氢键；二聚体或六聚体形式存在；作用方向：大部分为 5t 3,单链结合蛋白（SSBP）:功能：稳定单链 DNA。特点：SSBP与螺旋酶不一样，不具备酶的活性，不和 ATP结合。SSBP可以重复使用DNA拓扑异构酶（DNA topoisomerase）:既能水解、又能连接磷酸二酯键DNA拓扑异构酶功能：在DNA复制时，拓扑酶可松驰超螺旋，有利于复制叉的前进。DNA复制完成后，拓扑酶可将 DNA分子引入超螺旋，使 DNA形成染色质。2） DNA复制的引发弓I发：DNA复制需要合成RNA引物，这段RNA引物的合成称为引发。DNA复制为什么需要引物（Primer） ?答案：DNA
11、聚合酶只能催化dNTP到已有核酸链的游离 3 -OH上，而不能从游离核苷酸起始 DNA链的合成。3） 冈崎片段与半不连续复制4） 复制的终止：5） DNA聚合酶2真核生物复制的特点1） 多个复制子，双向复制2） 复制子相对较小3） 复制终止通过复制叉的相遇而终止4） 复制起点为自主复制序列（ ARS）3DNA复制的调控原核生物和真核生物 DNA复制的比较相同点：1）半保留复制方式 2）半不连续复制 3） DNA螺旋酶，SSBP4） RNA引物不同点：1）复制起点（单、多）2）复制子（大小、多少） 3）复制叉移动的速度4）冈崎片段的大小 5）端粒和端粒酶 6） DNA聚合酶7）引物酶思考题名词解
12、释复制子 半保留复制 岗崎片段简答题1.DNA复制为何选择 RNA作为引物？2.大肠杆菌DNA复制起始过程如何，有哪些因子参与？3.原核生物DNA复制的形式有哪几类？4.真核与原核复制的比较第五节DNA的修复1错配修复2切除修复（碱基、核甘酸）3重组修复4DNA直接修复5SOS系统：SOS修复是指DNA受到严重损伤、细胞处于危急状态时所诱导的一种 DNA修复方式，修复结果只是能维持基因组的完整性，提高细胞的生成率，但留下的错误较多，故又称为错误倾向修复，细胞有较高的突变率。 SOS反应是生物在不利环境中求得生存的一种基本功能。对原核生物将会产生高变异，对高等动物则是致癌的。第六节DNA的转座1
13、转座子（transponson,简称Tn）,又称易位子，是指存在于染色体 DNA上可以自主复制和位移的一段 DNA序列。2转座子类型：细菌转座子1）IS （插入序列2） Tn （复合转座子）3）TnA （ TnA family）真核生物转座子特点：（1）两端有IR（ 2）内部有转座酶等基因；3转座的遗传学效应：弓I起插入突变、产生新基因、弓I起染色体畸变、弓I起生物进化4玉米中控制因子家族1） 自主性元件： Ac有自主剪接和转座的能力。2） 非自主性元件：Ds单独存在是稳定的；不能自发地转座，当基因组中存在与非自主性元件同家族的自主性元件时， 它才具备转座功能，成为与自主性因子相同的转座子，不
14、论这自主元件位于何处。问答题什么是转座子？转座子有哪几种类型?什么叫做Ds-Ac因子？错配修复和切除修复的机制。第三章 生物信息的传递（上）从DNA到RNA1. 基本概况编码链与模板链：与mRNA序列相同的那条DNA链称为编码链（有意义链、正（+）链）；将另一条根据碱基互补原则指导 mRNA合成的DNA链称为模板链（无意义链、负 （-）链）。结构基因： DNA分子上转录出 RNA的区段，称为结构基因。转录单元：一段从启动子开始至终止子结束的 DNA序列。RNA合成的基本特征：1） 5宀3 方向；2） 底物三磷酸核苷酸（NTP）3） 不对称转录，以单链 DNA为模板。4） 不需要引物，合成是连续
15、的。5） 对一个基因组来说，转录只发生在一部分基因，且每个基因的转录都受到相对独立的控制。2.转录的基本过程1 ）模板识别：与原核生物的不同，真核生物的 RNA聚合酶不能直接识别基因的启动子区，需要一些被称为转录调控因子的辅助 蛋白质按特定顺序结合于启动子上， RNA聚合酶才能与之相结合并形成复杂的前起始复合物，以保证有效地起始转录。2） 转录起始3） 转录延伸：即是 RNA聚合酶释放b因子离开启动子后，核心酶沿着模板 DNA移动并使新生 RNA链不断伸长的过程。4） 转录终止3.转录机器的主要成分转录酶：原核生物的 RNA聚合酶、真核生物的 RNA聚合酶（RNA pol I、RNA pol
16、n、RNA pol川）转录复合物思考：RNA聚合酶如何找到 DNA上需要转录的那个基因的特异性启动子？二因子功能特点（1） b因子负责模板链的选择和转录的起始（2） 提高RNA聚合酶对启动子区的亲和力（3） b因子不参与转录延伸过程，在转录起始后 RNA聚合酶上释放出来只有全酶才能在正确位置起始转录。核心酶能在 DNA模板上合成RNA，但不能在正确位置起始转录。核心酶和全酶的区别：核心酶没有 b因子4.启动子与转录过程1） 原核生物的启动子结构特点：转录起始点：常见序列为CAT, A为起始点-10 区：结构特点：保守序列： TATAAT A.T较丰富，易于解链。功能：（1） RNA pol结合
17、位点；（2）形成开放启动复合体；（3）使RNA pol定向转录。-35 区：结构特点：其保守序列 TTGACA 与-10序列，相隔16-19bp功能：（1） RNA pol的识别位点。（2）不同b亚基识别不同启动子，调控不同基因的转录起始。增强子：具有增加启动子的作用。增强子的特点：远距离效应。无方向性。可位于靶基因的上游、下游或内部。顺式调节。只调节位于同一染色体上的靶基因。无物种和基因特异性。可连接到异源基因上发挥作用 有组织特异性。需要特定的蛋白因子参与。有相位性。其作用与 DNA的构象有关。2） 真核生物的启动子核心启动子：保证RNA聚合酶n转录正常起始所必需的、 最少的DNA序列，包
18、括转录起始位点及转录起始位点上游TATA区。作用：选择正确的转录起始位点，保证精确起始上游启动子元件：控制转录效率、频率其他元件：八碱基区域、KB元件、ATF元件思考：RNA聚合酶如何找到 DNA上的一个特异性的启动子？原核生物启动子的结构特点？真核生物启动子的结构特点？转录因子：凡是转录起始过程必需的蛋白质， 只要它不是聚合酶的组成成分， 就可将其定义为转录因子factor, TF).抗终止作用：p因子的作用被抵消，使得 RNA聚合酶通过终止子继续转录后面的基因5.原核生物与真核生物 mRNA的特征比较原核生物mRNA的特征mRNA转录产物是成熟的，不需修饰即可 直接进行翻译；半衰期短多以多
19、顺反子的形式存在5端无“帽子”结构， 3端没有或只有较短的 poly (A)结构。无内含子， mRNA是连续的S - D序列：使rRNA正确定位于起始密码子真核生物mRNA的特征5端存在帽子结构多数mRNA 3端具有poly ( A)尾巴(组蛋白除外)以单顺反子的形式存在前体mRNA有内含子，是断裂基因。单顺反子mRNA :只编码一个蛋白质的 mRNA。多顺反子 mRNA :编码多个蛋白质的 mRNA。5端帽子结构的功能：a.翻译起始的必要结构，b.增加mRNA的稳定性c.有助于mRNA越过核膜 polyA尾巴的功能：与mRNA从细胞核转送到细胞质有关。稳定 mRNA结构，保持生物半衰期。与真
20、核 翻译效率有关：6.内含子的剪接、编辑、再编码及化学修饰核酶(ribozyme)(核糖核酸酯酶)：具有催化功能的 RNA分子。作用特点：核酶既是催化剂又是底物，随着反应最终消失。思考题名词解释：转录单位、转录起点、启动子、终止子简答题：1.简述 二因子在转录起始中的作用2.简述原核生物基因启动子的结构3.简述原核生物转录终止的两种机制4.RNA聚合酶II的启动子有哪些基本元件，各元件的作用是什么？5.碱基替换编辑、插入编辑与点突变(碱基替换、碱基增加)有何不同？6.真核生物转录和原核生物转录的差异？7.转录和复制都是合成的过程，二者有何不同？8.内含子的“功能”及其在生物进化中的地位。9.核
21、酶的意义和应用有哪些？10.RNA 在生物进化中的地位？(tran scripti onmRNA 的第四章 生物信息的传递-从mRNZ到蛋白质遗传密码一一三联子1遗传密码遗传密码（genetic code）: mRNA中蕴藏遗传信息的碱基顺序。2遗传密码的性质 ？（1） 密码的连续性（2） 密码的简并性（3） 密码的通用性和特殊性（4） 密码子的摆动性 密码子和tRNA数量tRNA。如果有几个密码子同时编码一个氨基酸，凡是第一、二位碱基不同的密码子都对应于各自独立的 第一、二位碱基相同的密码子，则共用一种 tRNA。tRNA的结构、功能与种类l.tRNA的空间结构（1） 三叶草的二级结构a、
22、氨基酸接受臂：功能：负责携带氨基酸。b、 T “ C臂：功能：负责和核糖体上的 rRNA识别结合；c、 反密码子臂：功能：负责对 mRNA上的密码子的识别与配对。d、 D环：功能：起连接作用e、 额外环：功能：在tRNA三维结构中连接两个区域（D环-反密码子环和T “ C-受体臂）。f、 含丰富的稀有碱基： 每个tRNA分子至少含有2个稀有碱基，最多有 19个（2） “ L形三级结构2tRNA的功能1） 解读mRNA的遗传信息2） 运输的工具，运载氨基酸3tRNA的种类：起始tRNA和延伸tRNA; 同工tRNA; 校正tRNAAA-tRNA合成酶的功能：1） 能识别tRNA。2） 能识别氨基
23、酸，它对两者都具有高度的专一性。核糖体的结构与功能核糖体发挥生物学功能的 5个活性位点1mRNA结合位点；2结合AA-tRNA 位点（A位）；3结合肽基tRNA位点（P位）；4空载tRNA移出位点（E位）；5形成肽键的位点（转肽酶中心）。核糖体的功能小亚基：负责对模板 mRNA进行序列特异性识别大亚基：负责携带AA-tRNA、肽键的形成等 蛋白质合成的过程1） 氨基酸的活化氨基酸+ ATP 氨基酰-AMP + PPi氨基酰-AMP + tRNA 氨基酰-tRNA + AMP2） 翻译的起始a）核糖体大小亚基分离b） 30S小亚基通过SD序列与mRNA模板相结合。c） 起始tRNA的结合d） 7
24、0S起始复合物形成起始因子生物学活性IF-1防止tRNA过早与核糖体 A位点结合。IF-2帮助fMet-tRNAfmet与30S小亚基结合IF-3与30S小亚基结合，防止过早与 50S亚基结合促进fMet-tRNAfmet向P位点迁移3） 肽链的延伸电 AA-tRNA 与核糖体结合（进位）:主要是密码子-反密码子的识别；需要消耗 GTP，并需EF-Tu、EF-Ts两种延伸因子平肽键的生成：- 移位。核糖体向 mRNA3 端方向移动一个密码子。需要消耗 GTP，并需EF-G延伸因子。4） 肽链的终止：肽链释放， tRNA逐出，核糖体与 mRNA解聚。mRNA的信息阅读：5端向3端，肽链延伸：从N
25、端到C端。真核与原核蛋白质合成的异同真核原核核糖体80S70S含蛋白数量多于80少于60起始tRNAtRNA mettRNAfmet启动eIF十多种IF三种小亚基先与tRNA结合先与mRNA结合延长EF1,EF2EF-Tu EF-Ts EF-G终止RFRF1，RF2，RF35）蛋白质前体的加工-N-端f-Met或Met的切除-二硫键的形成-特定氨基酸的化学修饰-切除新生肽链中的非功能片段-蛋白质的空间折叠分子伴侣：能在细胞内辅助新生肽链正确折叠的一类蛋白质。分为两类：热休克蛋白家族、伴侣素家族 蛋白质的运转机制翻译运转同步机制：分泌蛋白质大多是以同步机制运输的。翻译后运转机制：由细胞质进入细胞
26、器的蛋白质大多是以翻译后运转机制运输的。第五、六章 分子生物学研究法（略）第七章基因表达与调控（上）原核基因表达调控模式绪论1基因表达的方式永久性表达：指不大受环境变动而变化的一类基因表达。维持细胞最低限度功能所不可少的基因。适应性表达：指环境的变化容易使其表达水平变动的一类基因表达。 应环境条件变化基因表达水平增高的现象，这类基因被称为 可诱导的基因；随环境条件变化而基因表达水平降低的现象相应的基因被称为 可阻遏的基因。2基因表达调控的生物学意义适应环境、维持生长和增殖(原核、真核)维持个体发育与分化(真核 )原核生物基因调控总论操纵子：是基因表达的协调单位，由启动子、操纵基因及其所控制的一
27、组功能上相关的结构基因所组成。操纵基因 受调节基因产物的控制。操纵子的基本组成：结构基因：Z Y A 调控基因：I操纵基因：0启动子：P终止子：T调控基操纵基因启动子|结构基因Ai i * 八 、IZ 1 Y A结构基因(structural gene):编码蛋白质或 RNA的任何基因。调控基因(regulator gene):参与其他基因表达调控的 RNA或蛋白质的编码基因。操纵基因(operator gene, O):调控蛋白特异性结合的一段 DNA序列；启动子(promoter, P):能被RNA聚合酶识别、结合并启动基因转录的一段 DNA序列。终止子(terminator, T):给予
28、 RNA聚合酶转录终止信号的 DNA序列。负转录调控：在没有调控蛋白质存在时基因是表达的，加入这种调控蛋白质后基因表达活性便被关闭。相应的调控蛋白称为阻遏蛋白；正转录调控：如果在没有调控蛋白质存在时基因是关闭的，加入这种调控蛋白质后基因活性就被开启。相应的调控蛋白称为激活蛋白。可诱导调控：在某些物质的诱导下使基因活化。可阻遏调控：基因平时是开启的，处在产生蛋白质或酶的工作过程中，由于一些特殊代谢物或化合物的积 累而将其关闭，阻遏了基因的表达。辅阻遏物(corepressor)：作用于调控蛋白，弓I起基因表达阻抑的小分子物质。 诱导物(inducer):作用于调控蛋白，引起诱导发生的小分子物质。
29、效应物(effector)：在操纵子系统中某些特定的物质能与调控蛋白结合，使调控蛋白的空间构像发生变化， 从而改变其对基因转录的影响的特定物质。安慰诱导物：如果某种物质能够促使细菌产生酶而本身又不被分解，这种物质被称为安慰诱导物，如 IPTG (异丙基-3 -D-硫代半乳糖苷)。乳糖操纵子(lac)与负控诱导系统3)阻遏物lac I基因产物及功能色氨酸操纵子与负控阻遏系统 色氨酸trp操纵子的结构前导序列P启动子0操纵子L前导序列trpAE为结构基因 t终止子trpR调控基因前导序列trp L :在trp mRNA 5 端trpE基因的起始密码前一个长 162bp的mRNA片段。起着随色氨酸浓
30、度升高降低转录的作用；弱化子(attenuator, a ):也称内部终止子， DNA中可导致转录过早终止的一段核甘酸序列。弱化作用要具备三个重要的条件：1)前导序列中要有相应氨基酸的密码子2)具备四组配对区3)转录和翻译必须耦联 色氨酸trp操纵子的结构特点？(1)调控基因trpR和trpABCDE不连锁；(2)操纵基因在启动子内(3)(Leader)所隔开启动子和结构基因不直接相连，二者被前导序列(4)有弱化子trp操纵子的调控系统1)无Trp时：阻遏物 t不结合操纵基因 当缺乏色氨酸时，该操纵子开放表达2)有Trp时：阻遏物+Trp t 结合操纵基因 当存在色氨酸时，该操纵子关闭图16-27 TrpRTrp激活后可阻
